可送检的样品类型与对应检测项目
| 样品类型 | 典型应用场景 | 主要检测项目 | 常用方法 / 参考 |
|---|---|---|---|
| 新鲜叶片与幼苗 | 分子系统发育研究、叶绿体基因组测序 | 叶绿体基因组组装与注释、核心条形码序列测定 | CTAB或磁珠法提取、DNBSEQ-G400平台2×150 bp测序、GetOrganelle组装 |
| 干燥腊叶标本与陈年药材 | 植物分类修订、标本数字化建档 | 超级条形码短片段扩增子测序 | 改良CTAB法（PVP与β-巯基乙醇体系）、psbA-trnH与trnL(UAA)引物、MiSeq 2×300 bp测序 |
| 茶叶、香辛料与草本饮品 | 食品真实性鉴别、掺伪成分筛查 | 物种成分定性、混合比例估算 | trnL(UAA)短片段扩增子高通量测序、物种序列丰度矩阵分析 |
| 组培苗与愈伤组织 | 脱毒苗遗传一致性核验、体细胞无性系变异筛查 | SNP位点分型、批内一致性比对 | KASP荧光分型（LGC SNPline平台）、重复样一致率评估 |
| 富含多酚多糖的果实与花粉 | 功能原料溯源、蜂花粉物种真实性核验 | DNA提取质量评价、条形码物种鉴定 | PVP改良CTAB提取、TapeStation 4200评估DIN值、PicoGreen荧光定量 |
| 干燥种子与种质库入库样品 | 种质资源入库核验、品种纯度抽查 | SSR指纹图谱构建、品种纯度鉴定 | GB/T 3543.5-2025鉴定程序、多位点SSR荧光毛细管电泳 |
检测项目
1. 叶绿体基因组组装与注释：组装总长15.0万~16.5万bp，有效覆盖度不低于100×，四联体结构（LSC、IRb、SSC、IRa）边界完整，注释蛋白编码基因110~130个
2. 叶绿体条形码物种鉴别：trnL(UAA)、psbA-trnH、rpoC1等片段与参考库比对相似度不低于98.5%，混合样品物种检出限0.1%~1%
3. SNP基因分型：单板96或384个样品通量，分型检出率不低于99%，最小等位基因频率MAF≥0.05，批次重复一致率不低于99.5%
4. SSR指纹图谱构建：每对引物扩增片段100~300 bp，PIC多态信息量不低于0.5判为高多态位点，指纹库建议不少于20对高多态引物
5. 外源插入拷贝数与侧翼序列分析：实时荧光定量PCR判定插入拷贝数，Tail-PCR获得插入旁侧序列长度不低于500 bp
检测范围
1. 新鲜植物组织：拟南芥、水稻、烟草、杨树等叶片与幼苗
2. 干燥老化样本：腊叶标本、陈年药材及其粉末制品
3. 加工植物制品：茶叶、香辛料、草本饮品、植物蛋白粉
4. 组培材料：脱毒组培苗、愈伤组织、体细胞胚
5. 种质材料：干种子、花粉、种质资源库入库样品
检测方法
1. GB/T 37874-2019 核酸提取纯化方法评价通则
2. GB/T 3543.5-2025 农作物种子检验规程 第5部分：品种质量 品种纯度鉴定
3. GB/T 19495.9-2017 转基因产品检测 植物产品液相芯片检测方法
4. GB/T 19495.5-2018 转基因产品检测 实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）检测方法
5. 《中华人民共和国药典》2025年版 中药材DNA条形码分子鉴定法指导原则
检测设备
1. 高通量基因测序仪(DNBSEQ-G400)：读长2×150 bp，单flow cell最高数据量约900 Gb，支持叶绿体基因组从头组装
2. 台式测序系统(MiSeq)：读长2×300 bp，单次运行数据量最高15 Gb，适配短片段条形码扩增子测序
3. 片段分析仪(TapeStation 4200)：DIN值0~10量化DNA完整性，进样量1~5 μL，单板16个样品
4. KASP基因分型平台(SNPline)：96/384孔板通量，荧光偏振检测，支持巢式与梯度分型程序优化
5. 全自动核酸提取仪(GeneRotex 96)：磁珠法96通量，单批样品处理量50~1000 μL，磁棒式转导
6. 高通量组织研磨仪(TissueLyser II)：振荡频率最高30 Hz，适配干叶、种子与花粉微量样品破碎
7. 梯度PCR仪(T100)：温度范围4~100℃，梯度温差跨度最高24℃，最大升降温速率5℃/s
8. 多功能酶标仪(Synergy H1)：兼容PicoGreen等荧光染料，双链DNA检测下限达pg级
9. 台式冷冻离心机(5810R)：最高转速14000 rpm，温控范围-9~40℃，适配核酸沉淀与洗涤
10. 恒温混匀仪(ThermoMixer C)：控温上限99℃，转速300~1500 rpm，用于酶解与连接反应孵育