炭疽杆菌基因测序分析

检测项目

1.菌株鉴定与分型：基于全基因组序列的菌株鉴定，多位点序列分型，核心基因组多位点序列分型。

2.毒力因子基因检测：保护性抗原基因，致死因子基因，水肿因子基因，荚膜合成基因簇分析。

3.抗生素耐药性基因筛查：β-内酰胺类耐药相关基因，喹诺酮类耐药相关基因，大环内酯类耐药相关基因。

4.质粒携带分析：pXO1质粒（编码毒素）存在确认，pXO2质粒（编码荚膜）存在确认，质粒缺失或变异分析。

5.单核苷酸多态性分析：全基因组范围内单核苷酸多态性位点挖掘，基于单核苷酸多态性的高分辨率分型。

6.基因组组装与注释：测序数据从头组装，基因组功能基因注释，比较基因组学分析。

7.系统发育进化分析：基于核心基因组或特定基因构建系统发育树，分析菌株间的亲缘关系和进化路径。

8.特定基因靶标测序：16S核糖体RNA基因测序，看家基因测序，毒力相关基因的深度测序。

9.分子溯源与暴发调查：在暴发疫情中，通过基因组比对确定传染源与传播链。

10.新发变异株监测：监测基因组中的新突变，评估其对毒力、传播力或检测方法可能产生的影响。

11.样本中微生物群落分析：对环境或混合样本进行宏基因组测序，分析其中炭疽杆菌的相对丰度与共存微生物。

12.测序数据质量评估：测序深度与覆盖度评估，序列质量值分析，污染序列过滤。

13.生物信息学数据分析：原始测序数据质控，序列比对与变异识别，数据可视化解读。

14.检测方法验证：测序方法的灵敏度与特异性验证，重复性与再现性评价。

15.报告生成与解读：整合分析结果，生成包含关键突变、分型、毒力与耐药信息的标准化报告。

检测范围

疑似炭疽患者临床标本（血液、痰液、皮肤病灶渗出物）、环境样本（土壤、水体）、动物组织样本（皮毛、脏器）、可疑白色粉末或其他生物恐怖相关物质、细菌纯培养物、食品与饲料样本、疫源地监测样本、实验室保存菌株、考古或历史样本中的微生物DNA、医疗与公共卫生机构送检的未知微生物核酸

检测设备

1.高通量测序仪：用于进行炭疽杆菌全基因组或靶向基因 panel 的深度测序，产生海量序列数据。

2.实时荧光定量聚合酶链式反应仪：用于对样本中炭疽杆菌的特异性核酸靶标进行快速、定量的初步筛查与验证。

3.核酸自动提取仪：用于从各类复杂样本中高效、稳定地提取高质量的细菌基因组脱氧核糖核酸。

4.微量核酸定量仪：用于精确测定提取后的脱氧核糖核酸浓度与纯度，确保满足后续建库测序要求。

5.聚合酶链式反应扩增仪：用于对靶标基因区域进行特异性扩增，为测序文库制备提供充足模板。

6.超声波破碎仪或机械研磨仪：用于对细菌细胞或复杂样本进行有效破壁，释放细胞内核酸物质。

7.生物分析仪：用于对构建完成的测序文库进行片段大小分布与浓度的高精度质控分析。

8.超微量分光光度计：提供快速核酸浓度与纯度检测，辅助样本质量的初步判断。

9.高性能计算服务器集群：用于存储和处理大规模基因组测序产生的原始数据，运行复杂的生物信息学分析流程。

10.生物安全柜：为可能含有活菌或高浓度核酸的样本操作提供必需的生物安全防护环境，防止交叉污染与人员暴露。

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"炭疽杆菌基因测序分析"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检检测技术研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。