NGS基因组测序试验

检测项目

测序质量参数评估：

• 平均深度：[参数]（参照标准）
• 覆盖均一性：[参数]（如变异系数≤0.3）
• 错误率控制：[参数]（如碱基错误率≤0.1%）

变异检测分析：

• SNP检出：[敏感性、特异性]（如敏感性≥99%）
• INDEL检出：[参数]（如最小检测尺寸≥2bp）
• 结构变异分析：[拷贝数变异频率]

表达量量化：

• RPKM值：[参数]（如动态范围0.01-100）
• FPKM值：[参数]
• 差异表达基因：[倍数变化阈值]（如|log2FC|≥2）

文库制备质量控制：

• 片段大小分布：[参数]（如平均大小200bp±50bp）
• GC含量偏差：[参数]（如偏差±5%）
• 接头污染检测：[接头序列残留率]

病原微生物检测：

• 物种丰度分析：[相对丰度阈值]（如≥0.1%）
• 耐药基因筛查：[检出限]（如检出限0.01%）
• 毒力因子识别：[参数]

表观遗传分析：

• DNA甲基化水平：[甲基化率]（如差异甲基化区域）
• 组蛋白修饰检测：[修饰位点覆盖率]
• 染色质可及性：[ATAC-seq信号强度]

单细胞测序参数：

• 细胞捕获效率：[参数]（如效率≥70%）
• UMI计数分布：[参数]（如中位数≥5000）
• 基因检出数量：[参数]（如≥2000基因/细胞）

融合基因检测：

• 融合断点识别：[断点分辨率]（如精度±1bp）
• 融合频率计算：[参数]（如频率≥0.1%）
• 支持读段数量：[参数]（如≥10读段）

样本质量验证：

• DNA/RNA完整性：[RIN值]（如RIN≥7.0）
• 浓度纯度检测：[A260/280比值]（如1.8-2.0）
• 污染评估：[外源DNA残留]

数据一致性检验：

• 批次效应校正：[PCA分析一致性]（如方差解释率≥95%）
• 重复样本相关性：[Pearson系数]（如≥0.95）
• 参考基因组比对率：[参数]（如≥95%）

检测范围

1. 人类基因组样本： 涵盖全基因组和全外显子组测序，重点检测致病突变和遗传性疾病相关变异。

2. 微生物宏基因组样本： 包括环境或临床样本，重点分析物种组成和功能基因丰度。

3. 植物基因组样本： 针对作物和野生品种，侧重抗逆基因和SNP位点识别。

4. 肿瘤组织样本： 涉及FFPE或新鲜组织，聚焦体细胞突变和拷贝数变异。

5. 血液游离DNA样本： 用于无创产前检测，重点监控胎儿染色体异常和低频变异。

6. RNA转录组样本： 包括mRNA和non-coding RNA，强调表达谱差异和剪接事件。

7. 病原体分离株样本： 如细菌或病毒培养物，侧重耐药基因和进化分析。

8. 环境微生物样本： 如土壤或水体DNA，重点评估生物多样性和生态功能。

9. 模式生物基因组样本： 如小鼠或果蝇，聚焦基因敲除验证和表型关联。

10. 古DNA样本： 涉及降解样本提取，重点处理低覆盖数据和污染控制。

检测方法

国际标准：

• ISO 20395:2018 生物技术-下一代测序-测序质量评估要求
• EN ISO 15189:2022 医学实验室-质量和能力要求
• ISO/IEC 17025:2017 检测和校准实验室能力通用要求
• CLSI MM19-A2 用于临床诊断的NGS指南

国家标准：

• GB/T 30980-2014 高通量测序数据质量控制指南
• GB/T 34796-2017 核酸测序技术通则
• GB/T 37871-2019 生物样本库质量管理规范
• GB/T 38505-2020 病原微生物基因检测方法

（方法差异说明：国际标准强调全局质量控制，如ISO 20395要求测序深度报告；国家标准如GB/T 30980侧重样本前处理规范，并规定本土化阈值。）

检测设备

1. 高通量测序仪： Illumina NovaSeq 6000（通量20Tb/run，读长2×150bp）

2. 单细胞测序系统： 10x Genomics Chromium X（细胞通量10000/sample，捕获效率80%）

3. 文库制备工作站： Beckman Biomek i7（自动化程度高，处理时间≤4小时）

4. 核酸定量仪： Qubit 4.0 Fluorometer（检测范围0.1-1000ng/μL，精度±5%）

5. 样本破碎仪： Covaris M220（片段范围50-1000bp，占空比10%）

6. 质量分析仪： Agilent 4200 TapeStation（片段大小分布评估，分辨率1bp）

7. PCR扩增系统： Thermo Fisher Veriti 96（温度梯度±0.1℃，循环数≤35）

8. 杂交捕获系统： IDT xGen Lockdown（捕获效率≥90%，特异性95%）

9. 数据分析服务器： Dell PowerEdge R740（处理器32核，内存1TB）

10. 生物信息软件： BWA-MEM（比对速度100Gb/hour，内存占用≤16GB）

11. 变异调用软件： GATK4（敏感度99%，假阳性率≤1%）

12. 表达量分析平台： DESeq2（FoldChange计算精度±0.01）

13. 可视化工具： IGV（基因组浏览器，支持多格式数据）

14. 存储系统： NetApp A800（容量1PB，IOPS 100000）

15. 样本提取仪： Qiagen QIAcube（提取效率≥95%，处理样本数96/run）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"NGS基因组测序试验"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。