检测项目
1.序列完整性分析:采用Agilent2100生物分析仪检测RNA完整性数值(RIN≥7.0),片段分布范围200-6000nt
2.表达水平定量:基于RT-qPCR的绝对定量(Ct值0.5),动态范围10^1-10^8copies/μL
3.剪接变异体鉴定:IlluminaNovaSeq6000平台进行150bp双端测序,覆盖深度≥30
4.多聚腺苷酸化位点定位:PacBioSequelII系统进行全长转录本测序(准确度≥Q30)
5.融合转录本筛查:ArcherFusionPlexPanel捕获建库(灵敏度0.1%VAF)
检测范围
1.哺乳动物细胞系(HEK293、HeLa等)培养物提取的总RNA
2.临床组织样本(福尔马林固定石蜡包埋组织)的微量RNA
3.外周血单个核细胞(PBMC)分离的循环RNA
4.植物组织(拟南芥叶片)低温保存样本
5.微生物群落(土壤/肠道宏转录组)复杂样本
检测方法
ISO20184-1:2019《分子体外诊断检验-冷冻组织标本中RNA的分离纯化》
ASTME3133-18《核酸测序数据质量评估标准指南》
GB/T34796-2017《核酸定量测定用物质的量浓度标准物质》
ISO20395-2019《生物技术-核酸靶序列定量方法的验证要求》
GB/T37872-2019《高通量基因测序数据质量要求》
检测设备
ThermoFisherQuantStudio6Pro:实时荧光定量PCR系统(温度均一性0.25℃)
Agilent4200TapeStation:自动化电泳系统(灵敏度1pg/μLRNA)
IlluminaNovaSeq6000:高通量测序平台(单次运行输出6Tb数据)
NanoporeGridIONX5:长读长测序设备(读长≥4Mb)
BeckmanCoulterBiomeki7:自动化液体处理工作站(移液精度1%)
QiagenQIAcubeConnect:核酸纯化系统(最大通量12样本/批次)
SartoriusCubisIIMSA:微量天平(分辨率0.1μg)
EppendorfMastercyclerX50:梯度PCR仪(升降温速率6℃/s)
Bio-RadCFXOpus96:实时定量PCR系统(多色荧光检测通道)
CovarisM220:聚焦式超声破碎仪(DNA片段化精度50bp)