可送检的样品类型与对应检测项目
| 样品类型 | 典型应用场景 | 主要检测项目 | 常用方法 / 参考 |
|---|---|---|---|
| 细菌纯培养株（平板分离单菌落） | 菌种鉴定、菌株身份确认、保藏菌种核验 | 全基因组完成图测序、环形化确认、GC含量、基因数目注释 | GB/T 30989-2014《高通量基因测序技术规程》；HiFi文库测序深度不低于100× |
| 益生菌与工业菌株 | 乳酸菌分型、发酵菌种稳定性监控、菌种档案建立 | 菌株水平分型、ANI物种界定、质粒图谱预测 | GB/T 30989-2014；GB/T 37864-2019《生物样本库质量和能力通用要求》 |
| 食源性病原分离株 | 沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌等污染源追溯 | 种属鉴定、血清型预测、毒力基因与耐药基因筛查 | GB 4789.1-2016总则；WS/T 805-2022《临床微生物检验基本技术标准》 |
| 环境来源未知菌 | 土壤、水体、沉积物分离株的分类定位 | 16S rRNA全长测序、系统发育树构建、新种候选评估 | 27F/1492R全长扩增；《中国药典》细菌DNA特征序列鉴定法 |
| 微生物群落样本 | 肠道菌群、土壤微生物多样性研究 | 16S全长扩增子测序、物种组成与多样性指数分析 | GB/T 30989-2014；病原宏基因组高通量测序相关专家共识与团体标准 |
| 携带质粒的目标菌株 | 耐药质粒传播风险研究、基因工程菌核验 | 质粒完整序列恢复、可移动元件与插入序列定位 | WS 233-2017生物安全要求；长读长与短读长混合组装策略 |
| 全基因组测序流程参照样本 | 测序流程质控与数据评价方法比对 | 文库质控、有效数据量、覆盖深度核算 | GB/T 46660-2025（全基因组测序通用技术要求，类比参考） |
检测项目
1. 细菌全基因组完成图测序：重叠群1~2条、N50不低于2Mb、环形无缺口、碱基质量值QV≥40
2. 16S rRNA全长序列测定：覆盖全长1450~1542bp，环形一致性序列准确率不低于99.9%
3. 菌种鉴定与物种界定：16S相似度不低于98.65%判同种，ANI不低于95%~96%，dDDH以70%为种界限
4. 耐药基因与毒力基因分析：比对CARD、ResFinder、VFDB数据库，覆盖β-内酰胺类、四环素类、氨基糖苷类等主要耐药类别
5. 质粒与可移动元件分析：质粒复制子分型、插入序列定位、耐药元件染色体或质粒定位
6. 基因组注释与功能分析：编码基因约3000~6000个、GC含量25%~75%、KEGG/GO/COG功能分类
检测范围
1. 病原细菌：大肠埃希氏菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌等
2. 益生菌菌株：乳酸杆菌属、双歧杆菌属、嗜热链球菌等
3. 环境分离株：土壤、水体、沉积物来源未知菌与新种候选株
4. 食品相关菌株：单核细胞增生李斯特氏菌、蜡样芽孢杆菌、副溶血性弧菌等
5. 工业与工程菌：芽孢杆菌属、谷氨酸棒杆菌、基因工程改造菌核验
检测方法
1. GB/T 30989-2014 高通量基因测序技术规程（三代测序文库构建与测序流程总纲）
2. GB/T 35537-2017 高通量基因测序结果评价要求（数据质量指标与判定依据）
3. WS/T 805-2022 临床微生物检验基本技术标准（细菌分离纯化与鉴定基本技术）
4. GB 4789.1-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 总则（食品来源菌株检验总纲）
5. GB/T 37864-2019 生物样本库质量和能力通用要求（菌种保藏与样本过程要求）
6. WS 233-2017 病原微生物实验室生物安全通用准则（病原株操作与生物安全防护）
7. GB/T 46660-2025 新型冠状病毒全基因组测序通用技术要求（全基因组测序通用流程，类比参考）
检测设备
1. PacBio Revio测序仪：HiFi读长15~20kb，准确率不低于99.9%，单run数据量最高360Gb
2. PacBio Sequel IIe测序仪：读长N50不低于20kb，HiFi实时读出，单run数据量约120Gb
3. Oxford Nanopore PromethION测序仪：超长读长N50可达50~100kb，实时信号采集，单flowcell通量最高约290Gb
4. Oxford Nanopore MinION测序仪：便携式，单run通量10~50Gb，适配现场快速测序
5. Illumina NovaSeq测序仪：PE150双端读长，短读长纠错补测，单run数据量最高16Tb
6. MGI DNBSEQ-T7测序仪：PE150双端读长，单run通量可达7Tb，用于混合组装纠错
7. Qubit 4荧光计：dsDNA定量范围0.01~1000ng，灵敏度约0.5ng/mL，用于核酸质控
8. Agilent 4200 TapeStation系统：片段分析范围35~50000bp，评估文库插入片段分布
9. 梯度PCR仪：控温精度±0.2℃，升温速率最高6℃/s，用于16S全长扩增
10. II级A2型生物安全柜：进风风速0.25~0.45m/s，用于菌株分离与操作防护