可送检的样品类型与对应检测项目

样品类型 典型应用场景 主要检测项目 常用方法 / 参考
厌氧菌纯培养物（菌液、菌泥、斜面菌苔） 产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、双歧杆菌、乳杆菌等菌种的功能基因表达分析与转录活性评价 毒力基因与功能基因mRNA定量、16S rRNA转录丰度、RNA完整值、反转录效率 厌氧手套箱内取样并加入RNA保护剂，酚氯仿法或商品化试剂盒提取，反转录荧光定量PCR定量，片段分析仪质控
食品及饲料基质富集培养物 肉制品、罐头、婴幼儿配方食品、饲料中厌氧梭菌的污染监测与毒素基因筛查 产气荚膜梭菌毒素基因转录水平、肉毒梭菌毒素基因检出、增菌液活性评估 GB 4789.13-2012、GB 4789.12-2016规定的增菌与厌氧培养前处理，结合反转录荧光定量PCR完成扩增检测
益生菌制品与发酵剂 双歧杆菌、乳酸菌制剂的活性评价与发酵性能研究 活性菌群rRNA占比、应激相关基因表达量、发酵关键酶基因转录水平 GB 4789.34-2016、GB 4789.35-2023厌氧培养计数，荧光定量PCR与宏转录组测序联合分析
粪便、肠道内容物、瘤胃液 肠道厌氧菌群结构与活性菌群研究、饲喂试验效果评价 宏转录组物种构成、活性菌rRNA表达谱、短链脂肪酸代谢相关基因表达 总RNA提取、rRNA去除、链特异性文库构建，高通量测序平台完成测序
厌氧污泥、沉积物、厌氧反应器样品 厌氧消化工艺运行监测、产甲烷菌群功能研究 产甲烷古菌功能基因mRNA丰度、水解酸化功能基因表达、活性微生物比例 环境RNA快速固定与提取，反转录后荧光定量PCR或宏转录组测序，执行GB/T 30989-2014测序技术规程
福尔马林固定石蜡包埋样本 生物样本保藏与回顾性研究中厌氧菌核糖核酸的分离与检出 RNA分离得率、RNA完整值、目标转录本检出限 GB/T 42216.1-2022规定的检验前过程，脱蜡、消化、柱提法分离RNA

检测项目

1. 功能基因mRNA定量：反转录荧光定量PCR检测限可达10～100拷贝/µL，定量线性范围跨7个数量级

2. 16S rRNA转录丰度：宏转录组测序每样本有效数据量不低于5万条reads，物种注释到属水平

3. RNA完整值评价：RIN或RQN值不低于7.0判定为合格，适用于反转录与文库构建

4. 毒素基因转录水平：产气荚膜梭菌毒素基因、肉毒梭菌毒素基因转录本拷贝数定量，检出限约100拷贝/反应

5. 活性菌群比例：rRNA与rRNA基因拷贝数比值表征代谢活性，比值不低于10判定为活跃状态

检测范围

1. 梭菌属：产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、艰难梭菌、破伤风梭菌等

2. 双歧杆菌属：长双歧杆菌、动物双歧杆菌、两歧双歧杆菌等益生菌菌株

3. 乳杆菌属：植物乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、德氏乳杆菌等发酵菌种

4. 拟杆菌属与普雷沃菌属：脆弱拟杆菌等肠道优势厌氧菌群

5. 产甲烷古菌：甲烷杆菌属、甲烷八叠球菌属等厌氧消化功能菌群

检测方法

1. GB/T 42216.1-2022 分子体外诊断检验 福尔马林固定及石蜡包埋组织检验前过程的规范 第1部分：分离RNA

2. GB/T 39367-2025 体外诊断检测系统 基于核酸扩增的病原微生物检测和鉴定程序 实验室质量实践通则

3. GB/T 42753-2023 实时荧光定量PCR仪性能评价通则

4. GB/T 30989-2014 高通量基因测序技术规程

5. GB/T 35537-2017 高通量基因测序结果评价要求

6. GB/T 26425-2010 饲料中产气荚膜梭菌的检测

7. GB/T 34222-2017 核糖核酸酶活力检测方法（RNA酶污染控制）

检测设备

1. 厌氧培养工作站：氧浓度低于10 ppm，控温范围室温加5～70℃，双人操作舱

2. 实时荧光定量PCR仪：5色荧光通道，温控精度±0.25℃，升降温速率最高6℃/s

3. 高通量测序仪：双端读长2×150 bp，单次运行通量满足宏转录组测序数据量需求

4. 全自动核酸提取仪：通量24～96样本，磁珠法，洗脱体积30～100 µL

5. 片段分析仪：计算RNA完整值RIN/RQN，检测片段范围25～60000 bp

6. 超微量分光光度计：RNA浓度检测下限约0.5 ng/µL，光程0.03～1.0 mm自动调节

7. 荧光计：单链或双链RNA定量，检测限低至皮克级

8. 超低温冰箱：-86℃，容积500 L以上，带温度记录与报警功能

9. 高速冷冻离心机：最高转速不低于30000 r/min，温控范围-10～40℃

10. 生物安全柜：II级A2型，操作区洁净度达ISO 5级