检测项目

样本质量控制：

• RNA完整性检测：RIN值≥7.0（参照Agilent2100标准）、A260/A280比值1.8-2.0
• 浓度与纯度检测：总RNA含量≥100ng、DV200值≥50%

• RNA片段化：片段大小150-300bp、片段化效率≥95%
• 接头连接：连接效率≥90%、接头浓度20nM

• 测序深度：平均深度≥30Mreads、覆盖度≥90%
• 读取长度：配对端读取100-150bp、Phred质量值≥Q30

• FASTQ文件生成：错误率≤0.1%、序列质量过滤
• 接头序列去除：去除率≥99%、剪切阈值Q20

• 序列比对率：比对率≥90%（参照hg38参考基因组）、重复序列率≤10%
• GC含量偏差：偏差值±5%、质量评分分布

• 基因表达水平：FPKM/TPM值计算、表达谱标准化
• 转录本丰度：丰度阈值≥1TPM、丰度一致性

• 差异基因筛选：FDR<0.05、log2FC绝对值≥1
• 表达模式聚类：聚类算法、显著聚类数

• GO富集分析：富集P值<0.05、通路注释
• KEGG通路映射：通路覆盖率、显著性阈值

• 可变剪接事件：剪接位点检测、剪接变体数量
• 外显子跳跃率：跳跃率计算、变体验证

• RT-qPCR验证：相关系数≥0.9、验证效率
• 融合基因检测：融合断点分析、置信度评分

检测范围

1.人类组织样本：新鲜或冷冻组织样本，重点检测RNA完整性及癌症相关基因表达谱

2.血液样本：全血或外周血单核细胞样本，侧重低丰度转录本检测及免疫基因表达分析

3.细胞培养物：哺乳动物或原代细胞样本，重点RNA提取效率及细胞周期基因表达

4.动植物组织样本：植物叶片或动物器官样本，侧重物种特异性转录本注释及发育基因分析

5.微生物样本：细菌或真菌样本，重点病原体RNA检测及抗菌基因表达

6.FFPE样本：福尔马林固定石蜡包埋样本，侧重降解RNA修复及肿瘤标志物表达

7.液体活检样本：血浆或血清样本，重点循环RNA定量及早期诊断基因检测

8.环境样本：土壤或水体微生物样本，侧重宏转录组分析及功能基因富集

9.临床样本：病理活检或体液样本，侧重疾病分型基因表达及生物标志物验证

10.模式生物样本：小鼠或斑马鱼样本，重点比较基因组转录本及模型验证

检测方法

国际标准：

• ISO20184-1:RNA完整性评估方法
• ENCODEProjectRNA-seq标准协议
• Illumina测序文库构建指南
• ISO/IEC17025:实验室质量控制通用要求

• GB/T34796:转录组测序技术规范
• GB/T35823:基因表达定量分析方法
• GB/T36000:高通量测序数据处理标准
• GB/T37000:RNA样本存储与运输规范

检测设备

1.RNA提取仪：QiagenQIAcubeHT（提取效率≥95%，通量96样本/批）

2.分光光度计：ThermoFisherNanoDrop8000（波长范围190-840nm，精度±0.001）

3.生物分析仪：Agilent2100Bioanalyzer（电泳分辨率0.1bp，RIN评估精度）

4.测序仪：IlluminaNovaSeq6000（通量最高6Tb，读取长度2x150bp）

5.PCR仪：Bio-RadT100（温控精度±0.1℃，循环数40）

6.离心机：Eppendorf5810R（转速最高15000rpm，容量4x100ml）

7.冷冻储存设备：ThermoScientificJianCeTFreezer（温度范围-86°C，稳定性±1°C）

8.生物信息学服务器：DellPowerEdgeR750（处理器128核，内存2TB）

9.自动化液体处理系统：HamiltonSTARlet（移液精度0.1μl，通量384孔板）

10.凝胶成像系统：Bio-RadChemiDocMP（检测限0.1pg，分辨率6.5百万像素）

11.恒温震荡器：NewBrunswickInnova44（震荡速度50-400rpm，温度范围4-80°C）

12.紫外分光仪：ShimadzuUV-2600（波长范围190-1100nm，带宽1nm）

13.电泳系统：Bio-RadMini-PROTEANTetra（电压范围10-500V，凝胶大小10x10cm）

14.数据存储设备：SeagateExosX20（容量20TB，传输速度250MB/s）

15.环境控制箱：PanasonicMCO-19AIC（湿度控制30-80%，CO2浓度5%）