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全转录组测序试验

  • 原创官网
  • 2025-06-15 12:13:27
  • 关键字:北检研究院,全转录组测序试验

相关:

概述:全转录组测序试验是一种高通量测序技术,用于全面分析生物样本中的RNA转录本。核心检测对象包括总RNA质量、转录本丰度、基因表达水平差异及功能注释。关键项目涵盖RNA完整性评估(RIN≥7.0)、基因表达定量(FPKM/TPM值)、差异表达基因筛选(FDR<0.05)、可变剪接事件检测及融合基因分析。该方法基于标准化生物信息学流程,适用于疾病机制研究、药物靶点鉴定及精准医疗应用。

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注意:因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

CMA/CNAS等证书详情,因时间等不可抗拒因素会发生变更,请咨询在线工程师。

☌ 询价

检测项目

样本质量控制:

  • RNA完整性检测:RIN值≥7.0(参照Agilent2100标准)、A260/A280比值1.8-2.0
  • 浓度与纯度检测:总RNA含量≥100ng、DV200值≥50%
文库构建:
  • RNA片段化:片段大小150-300bp、片段化效率≥95%
  • 接头连接:连接效率≥90%、接头浓度20nM
测序运行:
  • 测序深度:平均深度≥30Mreads、覆盖度≥90%
  • 读取长度:配对端读取100-150bp、Phred质量值≥Q30
原始数据处理:
  • FASTQ文件生成:错误率≤0.1%、序列质量过滤
  • 接头序列去除:去除率≥99%、剪切阈值Q20
质量控制:
  • 序列比对率:比对率≥90%(参照hg38参考基因组)、重复序列率≤10%
  • GC含量偏差:偏差值±5%、质量评分分布
表达定量:
  • 基因表达水平:FPKM/TPM值计算、表达谱标准化
  • 转录本丰度:丰度阈值≥1TPM、丰度一致性
差异表达分析:
  • 差异基因筛选:FDR<0.05、log2FC绝对值≥1
  • 表达模式聚类:聚类算法、显著聚类数
功能注释:
  • GO富集分析:富集P值<0.05、通路注释
  • KEGG通路映射:通路覆盖率、显著性阈值
剪接变异分析:
  • 可变剪接事件:剪接位点检测、剪接变体数量
  • 外显子跳跃率:跳跃率计算、变体验证
验证分析:
  • RT-qPCR验证:相关系数≥0.9、验证效率
  • 融合基因检测:融合断点分析、置信度评分

检测范围

1.人类组织样本:新鲜或冷冻组织样本,重点检测RNA完整性及癌症相关基因表达谱

2.血液样本:全血或外周血单核细胞样本,侧重低丰度转录本检测及免疫基因表达分析

3.细胞培养物:哺乳动物或原代细胞样本,重点RNA提取效率及细胞周期基因表达

4.动植物组织样本:植物叶片或动物器官样本,侧重物种特异性转录本注释及发育基因分析

5.微生物样本:细菌或真菌样本,重点病原体RNA检测及抗菌基因表达

6.FFPE样本:福尔马林固定石蜡包埋样本,侧重降解RNA修复及肿瘤标志物表达

7.液体活检样本:血浆或血清样本,重点循环RNA定量及早期诊断基因检测

8.环境样本:土壤或水体微生物样本,侧重宏转录组分析及功能基因富集

9.临床样本:病理活检或体液样本,侧重疾病分型基因表达及生物标志物验证

10.模式生物样本:小鼠或斑马鱼样本,重点比较基因组转录本及模型验证

检测方法

国际标准:

  • ISO20184-1:RNA完整性评估方法
  • ENCODEProjectRNA-seq标准协议
  • Illumina测序文库构建指南
  • ISO/IEC17025:实验室质量控制通用要求
国家标准:
  • GB/T34796:转录组测序技术规范
  • GB/T35823:基因表达定量分析方法
  • GB/T36000:高通量测序数据处理标准
  • GB/T37000:RNA样本存储与运输规范

检测设备

1.RNA提取仪:QiagenQIAcubeHT(提取效率≥95%,通量96样本/批)

2.分光光度计:ThermoFisherNanoDrop8000(波长范围190-840nm,精度±0.001)

3.生物分析仪:Agilent2100Bioanalyzer(电泳分辨率0.1bp,RIN评估精度)

4.测序仪:IlluminaNovaSeq6000(通量最高6Tb,读取长度2x150bp)

5.PCR仪:Bio-RadT100(温控精度±0.1℃,循环数40)

6.离心机:Eppendorf5810R(转速最高15000rpm,容量4x100ml)

7.冷冻储存设备:ThermoScientificJianCeTFreezer(温度范围-86°C,稳定性±1°C)

8.生物信息学服务器:DellPowerEdgeR750(处理器128核,内存2TB)

9.自动化液体处理系统:HamiltonSTARlet(移液精度0.1μl,通量384孔板)

10.凝胶成像系统:Bio-RadChemiDocMP(检测限0.1pg,分辨率6.5百万像素)

11.恒温震荡器:NewBrunswickInnova44(震荡速度50-400rpm,温度范围4-80°C)

12.紫外分光仪:ShimadzuUV-2600(波长范围190-1100nm,带宽1nm)

13.电泳系统:Bio-RadMini-PROTEANTetra(电压范围10-500V,凝胶大小10x10cm)

14.数据存储设备:SeagateExosX20(容量20TB,传输速度250MB/s)

15.环境控制箱:PanasonicMCO-19AIC(湿度控制30-80%,CO2浓度5%)

北检(北京)检测技术研究院【简称:北检院】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

以上是与"全转录组测序试验"相关的简单介绍,具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。

服务项目


材料检测服务 专业分析各类金属、非金属材料的成分、结构与性能,提供全面检测报告和解决方案。包括金属材料力学性能测试、高分子材料老化试验、复合材料界面分析等。
化工产品分析 精准检测各类化工产品的成分、纯度及物理化学性质,确保产品质量符合国家标准。服务涵盖有机溶剂分析、催化剂表征、高分子材料分子量测定等。
环境检测服务 提供土壤、水质、气体等环境检测服务,助力环境保护与污染治理,共建绿色家园。包括VOCs检测、重金属污染分析、水质生物毒性测试等。
科研检测认证 凭借专业团队和先进设备,致力于为企业研发、质量控制及市场准入提供精准可靠的技术支撑,助力品质提升与合规发展。