果树基因表达检测

检测项目

基因表达定量检测：

• qPCR分析：Ct值阈值、相对表达量（2^-ΔΔCt法，参照MIQE指南）
• RNA-seq定量：FPKM值范围、基因覆盖率（≥90%）
• 数字PCR检测：拷贝数变异（CV<5%）

差异表达分析：

• 基因表达差异筛选：log2倍数变化（|log2FC|>1）、p值（<0.05）
• 聚类分组：欧氏距离阈值、热图可视化参数
• 时间序列分析：表达动力学曲线（R²>0.8）

功能富集检测：

• GO富集：富集分数（p<0.01）、通路覆盖度
• KEGG路径分析：路径富集p值（<0.05）
• 蛋白互作网络：节点连接数（≥5）

剪接变体鉴定：

• 可变剪接检测：剪接位点支持读数（≥10）
• 异构体量化：异构体比例（IsoPct>20%）
• 融合基因筛查：断裂点覆盖率（≥95%）

小RNA表达检测：

• miRNA定量：成熟miRNA计数、折叠变化
• siRNA筛选：靶标预测置信度（Score>0.7）
• piRNA分析：piRNA簇覆盖度

甲基化关联分析：

• DNA甲基化水平：甲基化率（β值0-1）
• 组蛋白修饰检测：修饰位点富集（p<0.05）
• 表观遗传调控：甲基化-表达相关系数（|r|>0.5）

病原响应基因检测：

• 抗病基因表达：病原诱导倍数（≥2倍）
• 防卫通路激活：PR基因表达量（FPKM>5）
• 免疫标记物筛查：标记基因检出阈值

发育阶段特异性检测：

• 果实成熟基因：表达时序模式（阶段差异p<0.01）
• 开花调控分析：开花基因表达峰值
• 根系发育监测：根特异基因覆盖率

环境应激响应检测：

• 干旱响应基因：表达上调阈值（log2FC>1）
• 温度适应分析：热激蛋白表达量（HSP70≥10 FPKM）
• 盐胁迫筛查：离子通道基因变异

代谢整合检测：

• 次级代谢物关联：基因-代谢物相关性（|r|>0.6）
• 糖代谢基因：表达水平（FPKM>3）
• 激素响应分析：激素受体基因检出

检测范围

1. 苹果树： 涵盖富士、嘎啦等品种，重点检测果实着色基因MYB10表达和疮痂病抗性通路

2. 柑橘类果树： 包括橙子、柠檬等，侧重黄龙病响应基因CLas表达和维生素C合成路径

3. 葡萄树： 涉及赤霞珠、霞多丽等，专注白粉病抗性基因Rpv3表达和花青素调控

4. 桃树： 覆盖油桃、蟠桃等，监测果实软化基因PG表达和褐腐病防御机制

5. 梨树： 如鸭梨、雪花梨等，重点分析石细胞形成基因Pp4CL1表达和黑斑病响应

6. 香蕉树： 包括大蕉、香芽蕉等，侧重枯萎病抗性基因RGA2表达和果实成熟调控

7. 草莓植株： 涉及四季草莓等，专注灰霉病响应基因FaPR1表达和糖代谢通路

8. 核果类果树： 如樱桃、杏树等，监测开花时间基因FT表达和果实裂果相关因子

9. 热带果树： 包括芒果、荔枝等，侧重炭疽病抗性基因表达和热应激响应

10. 果树组织样本： 如叶片、果实、根系等，重点检测组织特异性基因表达和病理样本完整性

检测方法

国际标准：

• ISO 20391-1:2018 细胞计数方法通则 - 适用于流式细胞术RNA定量
• MIQE 指南(2009) 实时荧光定量PCR实验规范 - 规定Ct值精度和对照设置
• EN ISO 21571:2005 核酸提取方法 - 涵盖植物组织RNA纯化流程

国家标准：

• GB/T 35825-2018 植物RNA提取技术规范 - 规定提取缓冲液组成和纯度要求(OD260/280≥1.8)
• GB/T 30990-2014 实时荧光定量PCR方法 - 差异体现在热循环参数和熔解曲线分析
• GB/T 35538-2017 高通量测序数据分析指南 - 包含FPKM计算和差异表达阈值设置

方法差异说明：国际标准如MIQE强调qPCR引物设计验证，而国家标准GB/T 30990细化热循环温度梯度；RNA提取方面，EN ISO 21571要求冷冻研磨步骤，GB/T 35825指定离心速度和pH值控制。

检测设备

1. 实时荧光定量PCR仪： QuantStudio 5（温度精度±0.1°C，检测通道：5色）

2. 高通量测序仪： Illumina NovaSeq 6000（通量：20B reads/run，读长：2x150bp）

3. 冷冻离心机： Eppendorf 5430R（转速范围：100-30,000rpm，温度控制：-20°C至40°C）

4. 核酸定量仪： NanoDrop One（波长范围：190-840nm，检测限：2ng/μL）

5. 电泳系统： Bio-Rad PowerPac（电压范围：10-300V，凝胶孔径：1-2%）

6. 生物分析仪： Agilent 2100（RNA完整性数：RIN>7.0）

7. 超低温冰箱： Thermo Scientific TSX（温度稳定性：±1°C，容量：700L）

8. 恒温振荡器： Infors HT（振荡速度：50-300rpm，温度范围：室温至80°C）

9. 显微镜： Olympus BX53（放大倍数：40-1000x，分辨率：0.2μm）

10. 流式细胞仪： BD FACSAria（激光波长：488nm，检测速度：10,000事件/秒）

11. 芯片扫描仪： Affymetrix GeneChip（像素分辨率：2.5μm，动态范围：>10^4）

12. 真空浓缩仪： Labconco CentriVap（真空度：<10mbar，温度控制：室温至65°C）

13. 恒温水浴锅： Memmert WNB（温度精度：±0.1°C，容量：20L）

14. 纯水系统： Millipore Milli-Q（电阻率：18.2MΩ·cm，流速：2L/min）

15. 生物安全柜： Esco Airstream（气流速度：0.45m/s，HEPA过滤效率：99.99%）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"果树基因表达检测"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。