果树分子标记测试

检测项目

遗传多样性分析：

• SSR标记分型：等位基因数（≥8个/位点）、观测杂合度（Ho≥0.6，参照GB/T34796）
• SNP变异检测：突变频率（≥0.01）、多态信息含量（PIC≥0.25）
• 基因流估算：Nm值（≥1.0，迁移率偏差±10%）

品种鉴定：

• DNA指纹图谱：匹配度（≥99.9%）、位点一致性（误差≤0.1%）
• 特异性标记验证：阳性检出率（100%，参照ISO21571）
• 杂交纯度检测：杂合子比例（≤5%）

抗病基因筛查：

• 病原抗性位点检测：表达强度（≥2倍变化）、灵敏度（0.01ng/μLDNA）
• 基因编辑验证：脱靶率（≤1%）、效率（≥90%）
• 病程相关蛋白分析：浓度阈值（≥50μg/mL）

亲缘关系分析：

• 系谱重建：共享等位基因率（≥70%）、遗传距离（欧氏距离≥0.8）
• 亲子鉴定：排除概率（≥99.99%）
• 群体结构划分：Fst值（≥0.15）

分子辅助育种：

• 性状关联标记：LOD值（≥3.0）、效应大小（≥0.5）
• 选择准确性：假阳性率（≤0.5%）
• 基因渗入检测：渗入片段长度（≥10kb）

基因组测序：

• 全基因组重测序：覆盖度（≥30X）、测序深度（Q30≥80%）
• 靶向区域捕获：捕获效率（≥95%）
• 变异调用：准确率（≥99.5%）

表达谱分析：

• RNA-seq定量：FPKM值（动态范围0.1-1000）、差异表达（Foldchange≥2）
• 实时荧光定量PCR：Ct值（重复性CV≤2%）
• 甲基化检测：甲基化水平（5-100%）

突变筛查：

• 点突变鉴定：检出限（0.1%频率）、验证率（100%）
• 插入缺失检测：大小范围（1-50bp）、精度（±1bp）
• 拷贝数变异：CNV幅度（≥2倍）

遗传图谱构建：

• 连锁图谱密度：标记间距（≤5cM）、LOD阈值（≥3.0）
• QTL定位：置信区间（≤10cM）
• 重组率计算：θ值（0-0.5）

转基因检测：

• 外源基因筛查：检出限（0.01%）、特异性（100%）
• 启动子活性：表达水平（≥基准值2倍）
• 载体完整性：全长验证（≥95%）

检测范围

1.苹果树品种：涵盖富士、嘎啦等，重点检测SSR标记的遗传一致性和抗火疫病基因表达水平

2.柑橘类果树：包括橙、柚等，侧重SNP分型用于品种鉴别和溃疡病抗性位点验证

3.葡萄藤种质：涉及酿酒和鲜食品种，核心检测内容为亲缘关系分析和灰霉病抗性基因筛查

4.香蕉栽培品种：如卡文迪什，检测重点包括FocTR4抗性标记鉴定和基因组变异监测

5.核果类果树：桃、李等，强调分子辅助育种中开花期基因关联分析和品种纯度验证

6.热带果树资源：芒果、菠萝等，核心检测为遗传多样性评估和果实品质相关标记定位

7.果树种子样本：覆盖杂交和自交种子，重点检测发芽率关联基因型和杂质DNA残留

8.组织培养材料：如愈伤组织和幼苗，侧重突变积累监测和再生能力分子标记分析

9.果树嫁接枝条：包括砧木和接穗，检测亲和性分子基础和病原携带筛查

10.落叶果树种群：梨、樱桃等，核心检测为群体遗传结构解析和气候适应性标记评估

检测方法

国际标准：

• ISO21571:2005分子生物学分析-核酸提取与纯化（提取效率≥95%，与GB差异在缓冲液配方）
• ISO/IEC17025:2017检测实验室能力要求（涵盖SNP分型质控，精度要求±0.5%）
• ISO5725-2:2019测量方法与结果的准确度（用于数据重复性验证，CV≤2%）
• ISO20395:2018生物技术-核酸定量（qPCR标准，Ct值偏差±0.5）

国家标准：

• GB/T34796-2017植物DNA条形码技术规范（SSR分型方法，等位基因大小误差±1bp）
• GB/T38576-2020人类细胞STR分型-植物参照应用（亲缘鉴定，匹配概率计算差异在算法）
• GB/T3543.5-1995农作物种子检验-分子检测通则（品种纯度验证，灵敏度0.1%）
• GB/T19495.2-2004转基因植物检测（外源基因筛查，检出限0.01%）

（方法差异说明：ISO21571优先使用离心柱法提取，而GB/T34796支持磁珠法，导致DNA回收率差异±5%；ISO5725强调国际比对，GB标准侧重本地化验证参数）

检测设备

1.PCR扩增仪：AppliedBiosystems9700（温度精度±0.1°C，升降温速率4°C/s）

2.毛细管电泳系统：ABI3500xl（分辨率1bp，通量96样品/run）

3.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（产出6Tb/run，读长2x150bp）

4.实时荧光定量PCR仪：RocheLightCycler480（动态范围10^7，多通道检测）

5.微阵列扫描仪：AgilentSureScan（像素分辨率5μm，灵敏度0.1fluor）

6.核酸提取仪：QIAGENQIAcube（处理量96样本，提取效率≥98%）

7.凝胶成像系统：Bio-RadChemiDoc（CCD分辨率4MP，曝光时间0.1-60s）

8.DNA浓度测定仪：ThermoNanoDropOne（检测范围2-15000ng/μL，精度±1%）

9.样品均质器：BertinPrecellys24（转速100-6800rpm，破碎效率95%）

10.恒温培养箱：MemmertINC108（温度范围0-70°C，稳定性±0.2°C）

11.低温离心机：Eppendorf5427R（最大转速15000rpm，制冷至-10°C）

12.生物安全柜：EscoAirstream（风速0.5m/s，HEPA过滤效率99.99%）

13.电子天平：SartoriusCPA225D（量程0.1mg-220g，精度0.01mg）

14.超纯水系统：MilliporeMilli-Q（电阻率18.2MΩ·cm，TOC≤5ppb）

15.数据存储服务器：DellPowerEdgeR740（存储容量100TB，处理速度10Gb/s）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"果树分子标记测试"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。