lncRNA检测

检测项目

表达谱分析：

• 差异表达：表达量变化倍数（|log2FC|≥1.5），p值校正（FDR<0.05）
• 组织特异性：特异表达指数（τ≥0.85），参照ENCODE指南

结构特征检测：

• 二级结构预测：最小自由能（MFE≤-50kcal/mol），碱基配对概率（≥0.9）
• 保守性分析：PhastCons评分（≥0.7），跨物种保守元件数量

功能验证：

• ceRNA网络：共享miRNA数量（≥3个），竞争结合能量（ΔG≤-10kcal/mol）
• 蛋白互作：RNApull-down结合强度（富集倍数≥5），质谱鉴定置信度（FDR<0.01）

表观调控检测：

• 染色质互作：ChIRP-seq峰值密度（RPKM≥5），互作基因重叠率（≥30%）
• 甲基化调控：CpG岛甲基化水平变化（|Δβ|≥0.2），甲基化位点密度

亚细胞定位：

• 核质分布比（核/质≥2.0），参照lncATLAS数据库
• 细胞器富集：线粒体/内质网定位信号强度（Z-score≥3）

稳定性检测：

• 半衰期测定（t_1/2≥4h），放线菌素D阻断实验
• 降解速率：exonuclease敏感性（降解率≤20%/h）

互作分子检测：

• RNA-RNA互作：双荧光素酶报告基因验证（结合效率≥150%）
• RNA-DNA互作：ChIRP-MS三重复合验证

临床关联分析：

• 诊断效能：ROC曲线下面积（AUC≥0.85）
• 预后价值：风险比（HR≥1.8，p<0.01）

合成效率检测：

• 转录速率：新生链合成量（4SU标记≥2ng/μgRNA）
• 启动子活性：荧光报告基因强度（相对荧光≥200%）

修饰分析：

• m⁶A修饰：甲基化位点密度（≥2sites/kb），MeRIP-seq验证
• 假尿苷化：Ψ位点检测灵敏度（≥10copies）

检测范围

1.血浆/血清样本：游离lncRNA检测，重点分析外泌体lncRNA稳定性（ddPCR绝对定量）

2.冷冻组织样本：组织特异性lncRNA定位验证（空间转录组联合ISH）

3.FFPE样本：存档样本lncRNA回收率控制（RIN≥5.0，DV₂₀₀≥30%）

4.单细胞悬液：单细胞lncRNA异质性分析（10xGenomics捕获效率≥65%）

5.细胞系样本：干预后lncRNA动态变化（时间分辨率≤1h）

6.脑脊液样本：血脑屏障穿透性lncRNA检测（Qubit定量下限0.1pg/μL）

7.植物组织样本：逆境胁迫响应lncRNA（盐胁迫≥150mMNaCl处理）

8.微生物样本：病原体宿主互作lncRNA（感染复数MOI≥5）

9.外泌体样本：外泌体lncRNA富集纯度（CD63阳性率≥90%）

10.石蜡切片样本：原位杂交定位精度（分辨率≤0.5μm）

检测方法

国际标准：

• ENCODEConsortiumGuidelinesv3功能基因组学注释标准
• ISO20184-1:2022微阵列基因表达分析
• MIQE指南（qPCR最低信息量要求）

国家标准：

• GB/T37870-2019高通量测序技术规范
• GB/T34795-2017RNA纯度检测紫外分光光度法
• YY/T1596-2017人基因表达谱芯片

（差异说明：ISO20184要求芯片CV值≤15%，GB/T37870规定NGS测序质量Q30≥85%；MIQE要求qPCR扩增效率90-110%）

检测设备

1.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（双端150bp，通量6Tb/run）

2.数字PCR系统：QIAcuity9plex（5色荧光通道，检测限0.001%）

3.单细胞测序平台：10xGenomicsChromiumX（单细胞通量100,000cells）

4.纳米孔测序仪：OxfordNanoporePromethION48（读长>100kb，实时分析）

5.荧光定量PCR仪：QuantStudio7Pro（384孔动态温控，温控精度±0.1℃）

6.生物分析仪：Agilent2100（RNA完整性检测，RIN值分辨率0.1）

7.超灵敏化学发光仪：ChemiDocMP（检测限0.1pgRNA）

8.激光共聚焦显微镜：LeicaSTELLARIS8（分辨率120nm，5通道同步扫描）

9.蛋白互作分析系统：Biacore8K（结合动力学检测KD值范围10mM-1pM）

10.自动化核酸工作站：HamiltonSTARlet（移液精度CV≤1.2%，通量96样本/批次）

11.超速离心机：BeckmanOptimaXPN（最大RCF1,500,000xg）

12.微滴生成仪：Bio-RadQX200（微滴大小均一性CV<3%）

13.原位杂交仪：HybEZII（温控精度±0.5℃，8通道并行）

14.低温研磨仪：SPEXSamplePrep6970（液氮冷却，粒径≤5μm）

15.高通量电转仪：Lonza4D-Nucleofector（96孔板转染效率≥95%）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"lncRNA检测"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检检测技术研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。