基因组测序试验

检测项目

核酸提取质量控制：

• DNA纯度检测：OD260/280比值（1.8-2.0）、OD260/230比值（≥1.8）
• RNA完整性检测：RIN值（≥7.0，参照Agilent2100Bioanalyzer）
• 浓度测定：ng/μL（精度±5%，使用Qubit荧光计）

测序质量评估：

• 测序深度：平均覆盖度（≥30x）、变异位点覆盖度（≥20x）
• 碱基质量评分：Q值（≥30）、错误率（≤0.1%）
• 接头污染检测：接头序列占比（≤0.5%，参照Illumina标准）

变异检测分析：

• SNP检测：变异频率（≥5%）、杂合性平衡（0.3-0.7）
• INDEL检测：插入/缺失长度（1-50bp）、频率阈值（≥3%）
• 结构变异：拷贝数变异（CNV）置信度（≥90%）

功能注释验证：

• 基因功能预测：GO富集分析（p-value≤0.05）、KEGG通路显著性
• 变异致病性评估：ClinVar数据库匹配、ACMG指南评级
• 表达水平量化：FPKM值（精度±2%）、差异表达倍数（≥2）

组装质量检测：

• 基因组组装完整性：N50长度（≥100kb）、Contig数量（≤1000）
• 组装错误率：嵌合序列比例（≤1%）、缺口填充率（≥95%）
• 比对率评估：参考基因组比对率（≥95%）、唯一比对率（≥80%）

微生物组分析：

• 物种丰度检测：相对丰度（%）、Alpha多样性指数（Shannon≥5）
• 功能基因注释：COG类别分布、抗性基因识别
• 污染控制：宿主DNA去除率（≥99%）

转录组测序验证：

• 转录本组装：Isoform数量（精度±10%）、新转录本鉴定
• 可变剪接检测：剪接事件频率（≥5%）、差异剪接分析
• 非编码RNA鉴定：miRNA表达量（TPM≥1）、lncRNA功能预测

表观基因组检测：

• 甲基化水平：CpG位点甲基化率（%）、差异甲基化区域
• 染色质可及性：ATAC-seq峰富集（foldchange≥2）
• 组蛋白修饰：ChIP-seq信号强度（p-value≤0.01）

样本交叉污染监控：

• 样本间相似度：遗传距离（FST≤0.05）、混样指数
• 批次效应校正：PCA分析主成分、归一化因子
• 阴性对照检测：无模板控制（NTC）阳性率（0%）

数据存储完整性：

• 原始数据校验：MD5校验和匹配、文件大小一致性
• 元数据完备性：样本信息完整度（100%）、QC报告生成
• 安全备份：加密存储（AES-256）、冗余副本数量（≥3）

检测范围

1.人类全基因组：涵盖健康人群及遗传病患者样本，重点检测致病性变异（如BRCA1/2突变）和拷贝数变异，用于疾病风险评估和精准医疗

2.植物基因组：包括水稻、玉米等农作物，着重分析抗逆基因（如干旱响应基因）和SNP标记，支持育种优化和性状改良

3.微生物宏基因组：针对环境或肠道样本，检测物种多样性（如细菌丰度）和功能基因（抗生素抗性），应用于微生态研究和生物修复

4.病毒基因组：涵盖流感、HIV等病原体，聚焦变异追踪（如spike蛋白突变）和进化分析，用于疫情监控和疫苗设计

5.肿瘤组织样本：包括癌变和正常组织对比，重点检测体细胞突变（如TP53）、融合基因和肿瘤异质性，支持癌症诊断和治疗响应预测

6.古DNA样本：针对化石或考古材料，强调降解DNA修复（片段长度≥50bp）和污染控制，应用于人类进化研究和物种灭绝分析

7.单细胞转录组：涵盖免疫细胞或神经元，着重细胞类型鉴定（UMAP聚类）和差异表达基因，用于细胞图谱构建和发育生物学

8.模式生物基因组：包括小鼠、果蝇等，检测基因敲除效应和保守区域，支持功能基因组学和药物筛选

9.环境DNA（eDNA）：针对水体或土壤样本，重点物种检测限（≥0.1%）和生物量估算，用于生物多样性监测和入侵物种预警

10.合成生物学产物：包括基因编辑细胞系，聚焦脱靶效应（编辑效率≥90%）和序列保真度，应用于生物工程和GMP合规验证

检测方法

国际标准：

• ISO20395:2021生物技术-测序方法的质量要求
• ISO17025:2017检测和校准实验室能力的通用要求
• EN16848:2018分子诊断测序的性能评估

国家标准：

• GB/T37871-2019高通量测序技术规范
• GB/T34796-2017核酸测序质量评价指南
• GB/T30989-2014基因组DNA提取和纯化

国际标准如ISO20395强调错误率控制（≤0.1%）和覆盖度均匀性（CV≤0.2），而国家标准GB/T37871侧重样本信息追溯（完整元数据记录）和变异阈值（频率≥5%）；ISO方法采用Phred质量评分体系，GB/T则整合本地化验证步骤，如比对算法优化

检测设备

1.高通量测序仪：NovaSeq6000（通量最高6Tb/run，读长2x150bp）

2.PCR扩增仪：Veriti96-Well（温度精度±0.1°C，升降温速率6°C/s）

3.核酸提取工作站：KingFisherFlex（通量96样本/批，回收率≥95%）

4.电泳系统：Agilent4200TapeStation（片段大小50bp-60kb，精度±2%）

5.荧光定量仪：QuantStudio5（动态范围108，灵敏度0.01pg/μL）

6.超低温冰箱：ThermoScientific-80°C（温度稳定性±1°C，容量700L）

7.生物分析仪：2100Bioanalyzer（RNA完整性RIN1-10，分辨率≤5bp）

8.离心机：Eppendorf5430R（最大转速30,000rpm，容量4x100mL）

9.液体处理机器人：HamiltonSTARlet（移液精度±0.5μL，高通量384孔板）

10.数据存储服务器：DellPowerEdge（存储容量1PB，传输速率10Gb/s）

11.紫外分光光度计：NanoDropOne（检测范围2-27,000ng/μL，精度±1%）

12.低温离心浓缩仪：GeneVacEZ-2（蒸发速率1.5mL/h，温度范围-50°C至40°C）

13.生物安全柜：BakerSG603（气流速度0.5m/s，HEPA过滤效率99.99%）

14.振荡培养箱：Innova44（温度范围4°C至70°C，振荡速度20-500rpm）

15.凝胶成像系统：ChemiDocMP（灵敏度0.1pgDNA，分辨率3.4百万像素）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"基因组测序试验"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。