检测项目

DNA提取与分析：

  • 纯度检测：OD260/280比值（1.8-2.0），浓度测定（≥20 ng/μL）
  • 完整性评估：电泳条带清晰度（参照GB/T 37871-2019）
  • 降解检测：片段大小分布（≥200bp占比≥90%）
分子标记检测：
  • 微卫星分析：等位基因数（≥3个），多态性信息含量（PIC≥0.5，参照ISO 21571）
  • SNP筛选：多态位点频率（≥0.05），杂合度偏差（|Fis|≤0.2）
遗传多样性指数：
  • 预期杂合度：He值（范围0.3-0.8）
  • 观察杂合度：Ho值（偏差≤0.1）
  • 等位基因丰富度：Ar值（≥2.0）
群体遗传结构：
  • 分化系数：Fst值（0-0.25），遗传距离（Nei's D≥0.05）
  • 基因流估算：Nm值（≥1.0）
系统发育分析：
  • 树状图构建：自举支持率（≥70%）
  • 聚类距离：最大似然值（lnL≥-1000）
基因频率检测：
  • 等位基因频率：p值（0.1-0.9）
  • 固定指数：F值（绝对值≤0.3）
杂合度检测：
  • 个体杂合度：HI值（≥0.4）
  • 群体平衡：HWE检验（P≥0.05）
遗传距离计算：
  • Nei距离：遗传分化度（GD≥0.02）
  • Reynolds距离：种群差异（RD≥0.01）
亲缘关系鉴定：
  • 亲本系数：r值（0.5±0.1）
  • 家系分析：血缘距离（≤0.05）
适应性基因检测：
  • 抗性基因频率：R基因表达（≥50%）
  • 变异热点：重组率（cM/Mb≥1.0）

检测范围

1. 野生小叶楠种群样本： 采集自自然保护区，重点检测遗传变异水平和瓶颈效应

2. 人工栽培小叶楠样本： 来自育苗基地，侧重分析选择压力和基因流失

3. 华南地区小叶楠： 覆盖广东广西种群，专注高温适应性基因检测

4. 西南地区小叶楠： 四川云南样本，强调地理隔离对遗传结构影响

5. 小叶楠叶片组织： 新鲜或干燥样本，检测DNA提取效率和降解风险

6. 小叶楠根部组织： 地下部分样本，重点分析共生微生物干扰

7. 小叶楠种子样本： 贮藏种子，评估萌发率和遗传漂变

8. 濒危小叶楠群体： 小种群个体，检测近交衰退和多样性损失

9. 杂交小叶楠个体： 人工杂交后代，侧重亲本贡献和杂种优势

10. 历史标本小叶楠： 博物馆藏品，专注古DNA修复和污染控制

检测方法

国际标准：

  • ISO 21571:2013 食品DNA提取方法（适用于植物组织）
  • ISO 17025:2017 测试实验室能力通用要求（涵盖PCR验证）
  • ISO 5725-2:2019 测量方法精度评定（用于遗传数据重复性）
国家标准：
  • GB/T 34798-2017 分子生物学检测方法通则（规范PCR条件）
  • GB/T 37871-2019 生物样本DNA提取技术规范（要求纯化步骤）
  • GB/T 30988-2014 多态性DNA标记检测方法（定义微卫星分析流程）
国际标准强调高通量测序质控，而国家标准侧重低成本电泳验证；例如ISO要求≥3次重复PCR，GB允许单次优化扩增

检测设备

1. PCR仪： Thermo Fisher Veriti 96-Well Thermal Cycler（温度范围4-99°C，精度±0.1°C）

2. 电泳仪： Bio-Rad PowerPac Basic（电压范围10-300V，电流1-400mA）

3. 测序仪： Illumina NovaSeq 6000（通量高达20Tb/run，读长2x150bp）

4. 分光光度计： NanoDrop 2000c（检测范围0.2-15000 ng/μL，波长260nm）

5. 离心机： Eppendorf 5430 R（最高转速15,000 rpm，容量6x50mL）

6. 凝胶成像系统： Syngene G:BOX Chemi XX6（分辨率5百万像素，灵敏度0.1ng DNA）

7. 核酸定量仪： Qubit 4 Fluorometer（检测限低至0.5 pg/μL，荧光通道2个）

8. 冷冻干燥机： Labconco FreeZone（温度范围-50°C至40°C，冷凝能力4kg/24h）

9. 生物安全柜： Esco Class II A2（风速0.36 m/s，HEPA过滤效率99.99%）

10. 振荡器： IKA KS 260（速度50-500 rpm，负载5kg）

11. 微量移液器： Eppendorf Research plus（精度±1%，体积范围0.1-1000μL）

12. 冰箱： Haier DW-86L728（温度范围-86°C，容积728L）

13. 恒温培养箱： Memmert INC108（温度范围5-70°C，均匀度±0.5°C）

14. 纯水系统： Merck Millipore Milli-Q（电阻率18.2 MΩ·cm，产水速度2L/h）

15. DNA提取仪： QIAGEN QIAcube（处理能力24 samples/run，时间30min）