检测项目
DNA提取与分析:
- 纯度检测:OD260/280比值(1.8-2.0),浓度测定(≥20 ng/μL)
- 完整性评估:电泳条带清晰度(参照GB/T 37871-2019)
- 降解检测:片段大小分布(≥200bp占比≥90%)
- 微卫星分析:等位基因数(≥3个),多态性信息含量(PIC≥0.5,参照ISO 21571)
- SNP筛选:多态位点频率(≥0.05),杂合度偏差(|Fis|≤0.2)
- 预期杂合度:He值(范围0.3-0.8)
- 观察杂合度:Ho值(偏差≤0.1)
- 等位基因丰富度:Ar值(≥2.0)
- 分化系数:Fst值(0-0.25),遗传距离(Nei's D≥0.05)
- 基因流估算:Nm值(≥1.0)
- 树状图构建:自举支持率(≥70%)
- 聚类距离:最大似然值(lnL≥-1000)
- 等位基因频率:p值(0.1-0.9)
- 固定指数:F值(绝对值≤0.3)
- 个体杂合度:HI值(≥0.4)
- 群体平衡:HWE检验(P≥0.05)
- Nei距离:遗传分化度(GD≥0.02)
- Reynolds距离:种群差异(RD≥0.01)
- 亲本系数:r值(0.5±0.1)
- 家系分析:血缘距离(≤0.05)
- 抗性基因频率:R基因表达(≥50%)
- 变异热点:重组率(cM/Mb≥1.0)
检测范围
1. 野生小叶楠种群样本: 采集自自然保护区,重点检测遗传变异水平和瓶颈效应
2. 人工栽培小叶楠样本: 来自育苗基地,侧重分析选择压力和基因流失
3. 华南地区小叶楠: 覆盖广东广西种群,专注高温适应性基因检测
4. 西南地区小叶楠: 四川云南样本,强调地理隔离对遗传结构影响
5. 小叶楠叶片组织: 新鲜或干燥样本,检测DNA提取效率和降解风险
6. 小叶楠根部组织: 地下部分样本,重点分析共生微生物干扰
7. 小叶楠种子样本: 贮藏种子,评估萌发率和遗传漂变
8. 濒危小叶楠群体: 小种群个体,检测近交衰退和多样性损失
9. 杂交小叶楠个体: 人工杂交后代,侧重亲本贡献和杂种优势
10. 历史标本小叶楠: 博物馆藏品,专注古DNA修复和污染控制
检测方法
国际标准:
- ISO 21571:2013 食品DNA提取方法(适用于植物组织)
- ISO 17025:2017 测试实验室能力通用要求(涵盖PCR验证)
- ISO 5725-2:2019 测量方法精度评定(用于遗传数据重复性)
- GB/T 34798-2017 分子生物学检测方法通则(规范PCR条件)
- GB/T 37871-2019 生物样本DNA提取技术规范(要求纯化步骤)
- GB/T 30988-2014 多态性DNA标记检测方法(定义微卫星分析流程)
检测设备
1. PCR仪: Thermo Fisher Veriti 96-Well Thermal Cycler(温度范围4-99°C,精度±0.1°C)
2. 电泳仪: Bio-Rad PowerPac Basic(电压范围10-300V,电流1-400mA)
3. 测序仪: Illumina NovaSeq 6000(通量高达20Tb/run,读长2x150bp)
4. 分光光度计: NanoDrop 2000c(检测范围0.2-15000 ng/μL,波长260nm)
5. 离心机: Eppendorf 5430 R(最高转速15,000 rpm,容量6x50mL)
6. 凝胶成像系统: Syngene G:BOX Chemi XX6(分辨率5百万像素,灵敏度0.1ng DNA)
7. 核酸定量仪: Qubit 4 Fluorometer(检测限低至0.5 pg/μL,荧光通道2个)
8. 冷冻干燥机: Labconco FreeZone(温度范围-50°C至40°C,冷凝能力4kg/24h)
9. 生物安全柜: Esco Class II A2(风速0.36 m/s,HEPA过滤效率99.99%)
10. 振荡器: IKA KS 260(速度50-500 rpm,负载5kg)
11. 微量移液器: Eppendorf Research plus(精度±1%,体积范围0.1-1000μL)
12. 冰箱: Haier DW-86L728(温度范围-86°C,容积728L)
13. 恒温培养箱: Memmert INC108(温度范围5-70°C,均匀度±0.5°C)
14. 纯水系统: Merck Millipore Milli-Q(电阻率18.2 MΩ·cm,产水速度2L/h)
15. DNA提取仪: QIAGEN QIAcube(处理能力24 samples/run,时间30min)