抗旱相关基因遗传多样性分析

检测项目

基因分型检测：

• SSR标记分析：等位基因数（Na≥5）、多态性信息含量（PIC≥0.25）（参照ISFG2016）
• SNP分型：次要等位基因频率（MAF≥0.05）、哈迪温伯格平衡偏差（P＞0.01）
• InDel检测：插入缺失长度（2-50bp）、群体分布频率（≥15%）

表达谱分析：

• qRT-PCR定量：相对表达量（2-ΔΔCt±0.3）、差异表达倍数（|log2FC|≥1）
• 转录组测序：差异基因数（FDR≤0.05）、GO富集P值（≤1E-5）

表观遗传检测：

• DNA甲基化：CpG岛甲基化率（5-40%）、差异甲基化区域（DMRs≥100）
• 组蛋白修饰：H3K4me3修饰强度（RPKM≥5）

蛋白互作验证：

• 酵母双杂交：阳性克隆数（≥10^4CFU）、β-半乳糖苷酶活性（Units≥20）
• Pull-down检测：结合亲和力（KD≤10μM）

生理指标关联：

• 渗透调节：脯氨酸含量（≥30μmol/gFW）、可溶性糖积累量（≥15mg/g）
• 抗氧化酶活：SOD活性（≥200U/mgprot）、CAT清除率（≥60%）

群体遗传学分析：

• 遗传分化系数：Fst值（0.05-0.25）、基因流（Nm≥1）
• 系统发育树：自举值（≥70）、遗传距离（0.1-0.8）

单倍型鉴定：

• 单倍型频率（≥5%）、连锁不平衡（r²≥0.8）

三维结构预测：

• 蛋白结构域：RMSD值（≤2Å）、自由能（ΔG≤-10kcal/mol）

代谢物检测：

• ABA含量：50-200ng/gFW（HPLC-ESI-MS/MS）

细胞学验证：

• 亚细胞定位：荧光强度比（核/质≥3.0）

检测范围

1.小麦种质资源：重点检测TaDREB1基因单倍型与气孔导度的相关性

2.玉米自交系：分析ZmAREB转录因子启动子区SNP对ABA响应的调控

3.水稻核心种质：检测OsLEA3蛋白等电点变异与渗透胁迫耐受性

4.棉花野生近缘种：扫描GhNAC67内含子区SSR多态性

5.大豆育成品种：验证GmDREB2基因拷贝数变异与根系活力

6.高粱地方种：分析SbP5CS等位基因组合与脯氨酸合成效率

7.谷子突变体库：检测SiASR1甲基化水平与叶绿素稳定性

8.马铃薯品系：评估StCDPK基因表达与块茎水分保持力

9.油菜种质：关联BnPOD同工酶谱与膜脂过氧化程度

10.苜蓿种源：鉴定MsMAPK磷酸化位点保守性

检测方法

国际标准：

• ISO21572:2019植物DNA提取与纯化
• MIQE指南（ClinChem2009）实时荧光定量PCR技术规范
• IlluminaNovaSeq6000平台PE150测序流程

国家标准：

• GB/T38571-2020植物品种鉴定SSR分子标记法
• GB/T34820-2017转基因植物实时荧光PCR检测
• NY/T1433-2021水稻品种真实性SNP标记检测

（差异说明：ISO21572要求CTAB法裂解温度65℃±1℃，GB/T38571允许60-65℃范围；Illumina测序读长150bp标准较GB/T34820的100bp要求更严格）

检测设备

1.毛细管电泳仪：ABI3730xl型（片段分辨率±1bp，荧光通道数6）

2.实时荧光定量PCR仪：QuantStudio7Pro（温度均一性±0.1℃，检测通道5）

3.高通量测序仪：NovaSeq6000（通量2TB/run，Q30≥85%）

4.超高效液相色谱仪：WatersACQUITYUPLC（压力上限15000psi，柱温控制±0.5℃）

5.激光共聚焦显微镜：LSM900（轴向分辨率0.2μm，光谱检测范围410-750nm）

6.蛋白互作分析仪：OctetRED96e（分子结合解离常数检测限10pM-1mM）

7.全自动核酸提取仪：KingFisherFlex（通量96样本/批次，DNA得率≥10ng/μl）

8.超微量分光光度计：NanoDropOne（检测范围2-3700ng/μl，A260/A280精度±0.1）

9.梯度PCR仪：T100ThermalCycler（升降温速率5℃/s，孔间温差±0.2℃）

10.冷冻离心机：CR22N（最大RCF24,500×g，温控范围-20℃至40℃）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"抗旱相关基因遗传多样性分析"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。