宏转录组去宿主污染算法

检测项目

算法准确性检测：

• 去污染率：百分比（≥98%，参照ISO21748:2017）
• 假阳性率：百分比（≤2%）
• 敏感性：百分比（≥99%）

• 计算时间：秒/GB数据（≤300秒）
• 内存占用：GB峰值（≤32GB）
• 并行处理能力：线程数（支持≥16线程）

• 输入格式支持：FASTQ/BAM文件兼容性（100%匹配）
• 输出格式一致性：标准VCF/BED文件（无误差）
• 软件接口：API调用成功率（≥99.9%）

• 噪声耐受：信噪比（SNR≥10dB）
• 样本变异处理：错误率（≤0.1%）
• 重复性：标准差（≤0.5%）

• CPU利用率：百分比（≥85%）
• 存储需求：TB/样本（≤0.5TB）
• 能耗：瓦时/运行（≤50Wh）

• 误分类率：百分比（≤1%）
• 宿主残留量：reads计数（≤100reads）
• 数据完整性：校验和匹配（100%）

• 大样本处理：样本规模（支持≥1000样本）
• 云集成：虚拟机兼容性（AWS/GoogleCloud）
• 算法更新频率：版本迭代（≤每月一次）

• 序列比对精度：百分比（≥99.5%）
• 基因注释覆盖率：百分比（≥95%）
• 污染源识别：物种分辨率（≥99%）

• 数据加密：AES-256标准（100%加密）
• 权限控制：用户角色匹配（无越权）
• 审计日志完整性：事件记录（100%完整）

• 界面响应时间：毫秒（≤500ms）
• 错误处理：异常捕获率（≥99%）
• 文档完整性：页数覆盖（≥100页）

检测范围

1.人类组织样本：包括血液、唾液和皮肤样本，重点检测宿主RNA残留水平及去除效率

2.动物样本：涵盖小鼠、大鼠和猪组织，侧重跨物种污染识别和算法泛化能力

3.环境微生物样本：土壤、水体和空气样本，检测低丰度微生物信号保留率

4.临床诊断样本：如活检和病理标本，重点评估诊断准确性影响

5.植物样本：包括叶片、根系和种子，检测宿主基因组污染去除程度

6.古DNA样本：如化石和考古材料，侧重降解样本污染处理能力

7.合成生物学样本：工程菌株和合成群落，检测人工污染源识别效率

8.宏基因组整合样本：结合DNA和RNA数据，评估多组学污染协同去除

9.高污染样本：如宿主富集样本，重点测试算法极限性能

10.低深度测序样本：覆盖率不足样本，检测数据恢复率和污染控制

检测方法

国际标准：

• ISO21748:2017测量不确定度评估指南
• ISO/IEC25010:2011软件产品质量模型
• EN12697-33:2018生物信息学算法验证

• GB/T29825-2013生物信息学数据处理规范
• GB/T30976-2014信息技术软件产品质量要求
• GB/T35273-2020信息安全技术指南

检测设备

1.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（通量最高20Tb/run）

2.计算服务器：DellPowerEdgeR750（CPU：双IntelXeonGold6348，内存：1TB）

3.存储阵列：NetAppAFFA800（容量：2PB，IOPS：1百万）

4.GPU加速器：NVIDIADGXA100（GPU：8×A10080GB，算力：5PFLOPS）

5.生物信息学工作站：HPZ8G4（CPU：IntelXeonW-3275，内存：512GB）

6.数据备份系统：QuantumScalari3（磁带容量：100PB，吞吐量：1.5TB/h）

7.网络交换机：CiscoNexus9000（带宽：100Gbps，延迟：≤1μs）

8.性能监控工具：PrometheusServer（采样率：15s/次，存储：1TB）

9.安全网关：PaloAltoPA-7000（吞吐量：10Gbps，加密支持：TLS1.3）

10.温控系统：VertivLiebertPDX（制冷量：50kW，精度：±0.5°C）

11.电源管理系统：APCSymmetraPX（功率：160kW，UPS备份：30分钟）

12.光学显微镜：OlympusBX53（放大倍数：1000×，分辨率：0.2μm）

13.离心机：Eppendorf5430R（转速：15000rpm，容量：6×50ml）

14.样本处理台：BakerSterilGARD（洁净度：ISO5级，流量：0.45m/s）

15.数据采集器：NationalInstrumentscDAQ-9189（采样率：1MS/s，通道：32）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"宏转录组去宿主污染算法"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。