siRNA沉默效率检测

siRNA沉默效率检测是评估小干扰RNA在基因敲低实验中有效性的关键环节,涵盖mRNA表达水平、蛋白表达抑制率及脱靶效应等核心参数。检测需通过qRT-PCR、WesternBlot、流式细胞术等多技术手段,严格遵循细胞转染条件控制、阴性对照设置及统计学分析要求,确保数据符合GLP规范。

原创阅读 02025-09-15工程师CMACNASISO高新技术企业

检测项目

1.mRNA表达降低率检测:采用qRT-PCR定量分析,要求沉默效率≥70%,内参基因GAPDH/β-actinCt值偏差≤0.5

2.蛋白表达抑制率测定:通过WesternBlot或ELISA检测,目标蛋白表达量降低≥60%,灰度分析软件ImageJ验证

3.细胞转染效率验证:使用荧光标记siRNA(如FAM标记),流式细胞术检测转染效率≥80%

4.半衰期稳定性测试:37℃血清环境中孵育,要求24小时内降解率≤20%

5.脱靶效应评估:全转录组测序分析,非目标基因表达变化幅度≤15%

6.细胞毒性检测:CCK-8法测定细胞存活率≥90%,LD50值≥100μM

7.最小有效浓度确定:浓度梯度实验(1-100nM),ED50值≤20nM

8.沉默持续时间监测:单次转染后作用持续时间≥96小时

9.干扰特异性验证:ScrambledsiRNA对照组与实验组差异≥50倍

10.细胞内定位追踪:共聚焦显微镜观察胞质分布比例≥85%

11.RISC加载效率检测:AGO2蛋白免疫沉淀后NorthernBlot验证siRNA加载量

12.二级结构影响分析:熔点温度Tm值≥60℃,自由能ΔG≤-35kcal/mol

检测范围

1.化学合成siRNA:21-23nt双链结构,3'端dTdT悬垂,HPLC纯度≥95%

2.慢病毒载体表达shRNA:拷贝数≥10⁸TU/mL,空载体转染效率对照

3.脂质体包裹siRNA复合物:粒径100-200nm,Zeta电位+20~+30mV

4.纳米颗粒递送系统:PLGA材料包裹率≥80%,缓释时间≥72小时

5.稳定转染细胞系:嘌呤霉素筛选浓度1-10μg/mL,抗性维持≥15代

6.原代细胞转染样本:神经元/肝细胞原代培养≤P5代,电转参数300V/10ms

7.动物组织标本:裸鼠肿瘤模型瘤内注射,组织切片厚度5μm

8.体液样本中siRNA检测:血浆样本RNase抑制剂添加浓度1U/μL

9.冻干粉制剂:复溶后活性保留≥90%,水分含量≤3%

10.阳离子聚合物复合物:氮磷比(N/P)4:1-8:1,凝胶电泳阻滞完全

11.器官特异性递送系统:肝靶向配体GalNAc修饰率≥3分子/siRNA

12.温度敏感型水凝胶:相变温度34-37℃,包封率≥95%

检测方法

国际标准:

ISO20395:2019分子生物学检测-定量PCR方法验证要求

ASTME2935-18基因沉默效率评估标准指南

ISO20184-1:2018冷冻组织样本中RNA提取与质量控制

ASTMF2998-14细胞转染效率流式细胞术检测规范

ISO23118:2021蛋白质免疫印迹定量分析原则

国家标准:

GB/T34796-2017核酸定量测定-紫外分光光度法

GB/T37871-2019基因敲低效率检测指南

GB/T42076.1-2022细胞存活率检测-CCK-8法

GB/T42752-2023小干扰RNA产物纯度高效液相色谱分析法

GB/T43239-2023脱靶效应全转录组测序评估规范

检测设备

1.实时荧光定量PCR仪:型号QuantStudio7Pro,检测通道数6个,温度均一性±0.2℃

2.流式细胞仪:型号CytoFLEXS,检测灵敏度FITC≤100MESF,分析速度≥35,000细胞/秒

3.激光共聚焦显微镜:型号LSM900,Z轴分辨率0.35μm,荧光通道数5个

4.蛋白免疫印迹系统:型号iBlot2,转印时间7分钟,膜孔径0.2μm

5.高效液相色谱仪:型号1260InfinityII,色谱柱C18,检测波长260nm,保留时间偏差≤0.1min

6.纳米颗粒跟踪分析仪:型号NanoSightNS300,粒径检测范围10-2000nm,浓度检测下限10⁶particles/mL

7.超灵敏化学发光成像系统:型号AmershamImager680,像素分辨率4.3MP,动态范围4.8OD

8.细胞电转染系统:型号NeonNxT,电压范围100-2000V,脉冲宽度10-100ms

9.酶标仪:型号SpectraMaxiD5,检测波长范围200-1000nm,振荡速度1000rpm

10.生物分析系统:型号2100,RNA完整性指数(RIN)≥8.0,灵敏度0.5pg/μL

北检(北京)检测技术研究院【简称:北检院】

  • 报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。
  • 检测周期:7~15工作日,可加急。
  • 资质:旗下实验室拥有CMA/CNAS/ISO资质。
  • 标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。
  • 非标测试:支持定制化试验方案。
  • 售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

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