检测项目
1.CpG岛甲基化密度测定:覆盖≥200bp区域,分辨率达单碱基水平
2.基因启动子区域甲基化位点定位:精确识别-2000至+500bp范围内的5mC修饰
3.全基因组甲基化水平分析:检测精度≥30测序深度
4.差异甲基化区域(DMR)筛选:设置Δβ值≥0.2为显著性阈值
5.甲基转移酶活性测定:灵敏度达0.01U/μg蛋白
检测范围
1.肿瘤组织样本(FFPE/新鲜冷冻)
2.外周血游离DNA(ctDNA)
3.植物基因组DNA(≥500ng/样本)
4.环境污染物暴露模型(PM2.5暴露细胞系)
5.药物干预后表观遗传修饰评估(HDAC抑制剂处理组)
检测方法
1.ISO20387:2018亚硫酸盐测序法(BSP)
2.GB/T37872-2019甲基化特异性PCR(MSP)技术规范
3.ASTME3136-18焦磷酸测序定量分析标准
4.ISO/TS20922:2021甲基化芯片数据分析指南
5.GB/T40182-2021全基因组重亚硫酸盐测序技术规程
检测设备
1.IlluminaNovaSeq6000:全基因组甲基化测序平台(PE150模式)
2.ThermoFisherQubit4.0:微量DNA浓度测定(灵敏度0.1pg/μL)
3.Agilent4200TapeStation:DNA完整性评估(DIN值≥7.0)
4.QiagenPyroMarkQ48Autoprep:焦磷酸定量分析(CV≤5%)
5.RocheLightCycler480II:实时荧光定量PCR(退火温度梯度控制)
6.CovarisM220:DNA片段化系统(峰值能量50W)
7.Bio-RadCFX96:甲基化特异性扩增监测(熔解曲线分析)
8.OxfordNanoporePromethION:长读长甲基化测序(>100kb读长)
9.EppendorfMastercyclerX50s:亚硫酸盐转化反应控制(温控精度0.1℃)
10.PerkinElmerLabChipGXTouch:片段分布分析(1-10000bp范围)