检测项目
1.mRNA3'末端可变聚腺苷酸化位点定位(分辨率1nt)
2.poly(A)尾长度分布测定(检测范围10-250nt)
3.APA异构体动态变化监测(时间分辨率≥6h)
4.poly(A)信号序列变异分析(覆盖PAS六核苷酸基序)
5.APA相关调控因子定量(包括CPSF/CstF复合物浓度测定)
检测范围
1.真核生物mRNA样本(人/鼠/植物来源)
2.RNA病毒基因组(如冠状病毒亚基因组RNA)
3.临床FFPE组织提取RNA(RIN≥5.0)
4.细胞系/原代细胞培养物(≥110^6cells)
5.模式生物胚胎发育阶段样本(斑马鱼/果蝇/线虫)
检测方法
1.ISO20186-3:2022分子体外诊断检验-人源标本中核酸分离与定性
2.ASTME3133-18高通量测序数据分析标准指南
3.GB/T37872-2019基因测序数据质量评价通用要求
4.PAS-seq技术流程(3'末端特异性文库构建)
5.TAIL-seq全长转录本末端分析标准操作程序
检测设备
1.Agilent2100Bioanalyzer(RNA完整性及片段分布分析)
2.ThermoFisherQuantStudio5(实时荧光定量PCR验证)
3.IlluminaNovaSeq6000(高通量测序平台)
4.NanostringGeoMxDSP(空间转录组学分析仪)
5.BeckmanCoulterBiomeki7(自动化核酸工作站)
6.OxfordNanoporeGridION(长读长测序系统)
7.QIAGENQIAcubeHT(高通量核酸纯化仪)
8.Bio-RadExperion自动电泳系统(微流控芯片分析)