空间转录组测序测试

空间转录组测序测试结合组织切片原位测序与空间位置信息,实现对组织切片中基因表达的全转录组空间定位分析,空间分辨率可达10~55 μm,广泛应用于肿瘤微环境、脑神经发育及器官发育的空间基因表达研究。

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检测项目

1. 空间基因表达谱(捕获区域6.5×6.5 mm,分辨率55 μm)

2. 全转录组覆盖(可检测基因数>20000)

3. 空间差异表达基因分析(FDR<0.05)

4. 细胞类型空间分布注释(已知标记基因数>500)

5. 转录组数据质控(Q30比例>80%)

检测范围

1. 肿瘤组织:乳腺癌、结直肠癌、肺癌切片(厚度10 μm)

2. 神经组织:小鼠脑组织冠状切面(厚度10 μm)

3. 发育组织:胚胎切片、器官发育期组织

4. 植物组织:拟南芥根尖、叶片切片

5. 疾病模型:肝纤维化、心肌梗死模型组织

检测方法

1. GB/T 38476-2020 人类生物样本保藏要求

2. ISO 20387:2018 生物技术 生物样本保藏 生物样本库通用要求

3. 10x Genomics Spaceranger技术文件 空间基因表达数据分析

4. CLSI MM09-A2 核酸测序方法性能验证指南

5. WS/T 640-2018 临床分子生物学检验项目分析质量要求

检测设备

1. 空间转录组测序平台(10x Genomics Visium):捕获区6.5×6.5 mm,spot直径55 μm

2. 高通量测序仪(Illumina NovaSeq 6000):最大输出6 Tb,读长2×150 bp

3. 冷冻切片机(Leica CM3050 S):切片厚度0.5~100 μm,温控-35~-10℃

4. 显微镜(Leica DMi8):明场/荧光,分辨率0.2 μm

5. PCR扩增仪(Bio-Rad T100):温度范围0~100℃,升降温速率5℃/s

6. 生物分析仪(Agilent 2100 Bioanalyzer):DNA/RNA片段分析,灵敏度5 pg/μL

7. 高精度移液器(Eppendorf Research plus):量程0.1~1000 μL,精度±0.5%

8. 超低温冰箱(Thermo TSX-600):温控-86~-40℃,温度均匀性±5℃

北检(北京)检测技术研究院【简称:北检院】

  • 报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。
  • 检测周期:7~15工作日,可加急。
  • 资质:旗下实验室拥有CMA/CNAS/ISO资质。
  • 标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。
  • 非标测试:支持定制化试验方案。
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