检测项目
1. 空间基因表达谱(捕获区域6.5×6.5 mm,分辨率55 μm)
2. 全转录组覆盖(可检测基因数>20000)
3. 空间差异表达基因分析(FDR<0.05)
4. 细胞类型空间分布注释(已知标记基因数>500)
5. 转录组数据质控(Q30比例>80%)
检测范围
1. 肿瘤组织:乳腺癌、结直肠癌、肺癌切片(厚度10 μm)
2. 神经组织:小鼠脑组织冠状切面(厚度10 μm)
3. 发育组织:胚胎切片、器官发育期组织
4. 植物组织:拟南芥根尖、叶片切片
5. 疾病模型:肝纤维化、心肌梗死模型组织
检测方法
1. GB/T 38476-2020 人类生物样本保藏要求
2. ISO 20387:2018 生物技术 生物样本保藏 生物样本库通用要求
3. 10x Genomics Spaceranger技术文件 空间基因表达数据分析
4. CLSI MM09-A2 核酸测序方法性能验证指南
5. WS/T 640-2018 临床分子生物学检验项目分析质量要求
检测设备
1. 空间转录组测序平台(10x Genomics Visium):捕获区6.5×6.5 mm,spot直径55 μm
2. 高通量测序仪(Illumina NovaSeq 6000):最大输出6 Tb,读长2×150 bp
3. 冷冻切片机(Leica CM3050 S):切片厚度0.5~100 μm,温控-35~-10℃
4. 显微镜(Leica DMi8):明场/荧光,分辨率0.2 μm
5. PCR扩增仪(Bio-Rad T100):温度范围0~100℃,升降温速率5℃/s
6. 生物分析仪(Agilent 2100 Bioanalyzer):DNA/RNA片段分析,灵敏度5 pg/μL
7. 高精度移液器(Eppendorf Research plus):量程0.1~1000 μL,精度±0.5%
8. 超低温冰箱(Thermo TSX-600):温控-86~-40℃,温度均匀性±5℃