空间转录组测序测试

检测项目

1. 空间基因表达谱(捕获区域6.5×6.5 mm，分辨率55 μm)

2. 全转录组覆盖(可检测基因数>20000)

3. 空间差异表达基因分析(FDR<0.05)

4. 细胞类型空间分布注释(已知标记基因数>500)

5. 转录组数据质控(Q30比例>80%)

检测范围

1. 肿瘤组织：乳腺癌、结直肠癌、肺癌切片(厚度10 μm)

2. 神经组织：小鼠脑组织冠状切面(厚度10 μm)

3. 发育组织：胚胎切片、器官发育期组织

4. 植物组织：拟南芥根尖、叶片切片

5. 疾病模型：肝纤维化、心肌梗死模型组织

检测方法

1. GB/T 38476-2020 人类生物样本保藏要求

2. ISO 20387:2018 生物技术 生物样本保藏 生物样本库通用要求

3. 10x Genomics Spaceranger技术文件 空间基因表达数据分析

4. CLSI MM09-A2 核酸测序方法性能验证指南

5. WS/T 640-2018 临床分子生物学检验项目分析质量要求

检测设备

1. 空间转录组测序平台(10x Genomics Visium)：捕获区6.5×6.5 mm，spot直径55 μm

2. 高通量测序仪(Illumina NovaSeq 6000)：最大输出6 Tb，读长2×150 bp

3. 冷冻切片机(Leica CM3050 S)：切片厚度0.5~100 μm，温控-35~-10℃

4. 显微镜(Leica DMi8)：明场/荧光，分辨率0.2 μm

5. PCR扩增仪(Bio-Rad T100)：温度范围0~100℃，升降温速率5℃/s

6. 生物分析仪(Agilent 2100 Bioanalyzer)：DNA/RNA片段分析，灵敏度5 pg/μL

7. 高精度移液器(Eppendorf Research plus)：量程0.1~1000 μL，精度±0.5%

8. 超低温冰箱(Thermo TSX-600)：温控-86~-40℃，温度均匀性±5℃

以上是与"空间转录组测序测试"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检检测技术研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。