检测项目
1.琥珀包裹样本DNA完整性评估:通过Qubit4.0测定DNA浓度(0.1-1000ng/μL),片段长度分析(50-5000bp)
2.古核基因位点特异性扩增:靶向线粒体COI基因(扩增子长度100-300bp),覆盖率≥95%
3.氧化损伤定量分析:8-oxo-dG损伤位点检测(灵敏度0.01%突变频率)
4.外源污染筛查:微生物16SrRNA宏基因组比对(污染阈值≤0.5%)
5.单核苷酸多态性验证:SNP分型精度≥99.9%(MAF≥5%)
检测范围
1.中生代琥珀包裹昆虫/植物组织(年龄≤1亿年)
2.博物馆馆藏干制标本(保存年限50-300年)
3.法医陈旧性生物检材(保存条件-20℃至常温)
4.永冻层出土哺乳动物遗骸(温度≤-10℃)
5.石笋/冰芯中古环境DNA样本(沉积年代≤10万年)
检测方法
ISO20395:2019生物技术-古代DNA测序质量控制要求
GB/T34797-2017古DNA提取与纯化技术规范
ASTME3069-19古代材料中污染物分子鉴定标准指南
ISO/IEC17025:2017检测实验室通用技术要求
GB19489-2008实验室生物安全通用要求
检测设备
1.ThermoFisherIonGeneStudioS5Plus:半导体测序平台(读长200-600bp)
2.Agilent4200TapeStation:核酸完整性数值化评估(DIN值1-10)
3.CovarisM220Focused-ultrasonicator:DNA片段化控制(目标片段100-400bp)
4.RocheLightCycler480II:实时定量PCR污染监控(检出限10拷贝/μL)
5.OxfordNanoporeGridIONX5:长读长古DNA拼接(N50≥10kb)
6.BeckmanCoulterBiomeki7:自动化建库系统(通量96样本/批次)
7.IlluminaMiSeqDx:SNP验证金标准(Q30≥80%)
8.EppendorfMastercyclerX50s:梯度PCR扩增(温控精度0.1℃)
9.MalvernPanalyticalNanoSightNS300:纳米颗粒污染物分析(粒径10-2000nm)
10.HamiltonMicrolabSTARlet:微量液体处理系统(移液精度0.5%)