脑脊液循环肿瘤DNA检测

检测项目

突变检测：

• 点突变筛查：热点突变覆盖率≥98%，检测限0.1%突变频率（参照COSMIC数据库）
• 插入/缺失检测：突变长度10-50bp，灵敏度≥95%
• 融合基因鉴定：断裂点定位精度±5bp

拷贝数变异分析：

• 基因扩增检测：拷贝数变化≥1.5倍，分辨率50kb
• 缺失扫描：缺失区域≥100kb，置信度99%

甲基化分析：

• 启动子甲基化定量：甲基化水平≥10%，检测范围0.1-100%
• 表观遗传标志物筛查：覆盖率≥95%

定量分析：

• ctDNA浓度测定：定量范围0.01-100ng/mL，精度±5%
• 肿瘤分数计算：肿瘤DNA占比≥0.5%

微卫星不稳定性检测：

• MSI状态判定：不稳定位点≥30%，参照Bethesda指南
• 重复序列分析：重复单元长度2-5bp

肿瘤突变负荷计算：

• TMB评估：突变数/Mb≥10，全外显子覆盖
• 非同义突变计数：阈值≥5个/Mb

样品质量控制：

• DNA完整性检测：DV200≥50%
• 污染监控：内源性对照基因CT值≤28
• 样本纯度评估：A260/A280比值1.8-2.0

生物信息学分析：

• 变异注释：使用dbSNP数据库，精度≥99%
• 序列比对：比对率≥95%，错误率≤0.1%

药物靶点筛查：

• 靶向治疗位点：如EGFRT790M突变，检测限0.2%
• 耐药突变监测：突变频率变化≥2倍

报告生成标准：

• 变异解读：依据ACMG指南
• 临床相关性分类：致病性、可能致病性等分级

检测范围

1.胶质母细胞瘤样本：重点检测IDH1/2突变、TERT启动子变异及MGMT甲基化状态

2.转移性肺癌脑脊液样本：侧重EGFR、ALK融合及ROS1重排检测，评估颅内转移进展

3.髓母细胞瘤样本：覆盖WNT或SHH亚型标志物，如CTNNB1突变及PTCH1缺失

4.脑膜瘤样本：聚焦NF2基因缺失及TRAF7突变分析，检测增殖指数

5.垂体腺瘤样本：重点筛查GNAS突变及生长激素基因扩增，评估分泌功能

6.中枢神经系统淋巴瘤样本：检测MYD88L265P突变及免疫球蛋白重排，区分原发与继发

7.神经鞘瘤样本：侧重NF2缺失及SMARCB1突变监测，分析良性恶性转化

8.生殖细胞肿瘤样本：覆盖KIT或KRAS突变及AFP/HCG表达关联检测

9.儿童脑肿瘤样本：如髓母细胞瘤或室管膜瘤，重点检测组蛋白修饰及TP53突变

10.未知原发性脑转移样本：通过全基因组甲基化谱溯源，检测驱动基因如BRAFV600E

检测方法

国际标准：

• ISO15189:2022医学实验室质量和能力要求
• CLSIMM19-A2核酸扩增检测指南
• ISO/IEC17025:2017测试和校准实验室能力通用要求
• ACMG2024序列变异解读指南
• BETESHDA2004微卫星不稳定性检测规范

国家标准：

• GB/T37871-2019循环肿瘤DNA检测技术规范
• GB/T20470-2023临床分子诊断质量控制标准
• GB/T29791-2013体外诊断试剂性能评价通用要求
• WS/T420-2013临床基因检测实验室管理指南
• YY/T1789-2021高通量测序数据分析规范

方法差异说明：国际标准ISO15189侧重实验室整体质量管理，而国家标准GB/T37871更细化ctDNA提取和测序参数；ACMG指南强调变异临床解读，与GB/T20470在报告格式上存在阈值差异；CLSIMM19-A2详细规定扩增条件，与WS/T420在样本处理温度上不同（CLSI要求4°C储存，国标允许多-20°C）；BETESHDA与GB/T29791在MSI位点选择上差异（前者推荐5个位点，后者扩展至10个）。

检测设备

1.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（通量最高6Tb，读长2x150bp）

2.数字PCR系统：Bio-RadQX200（检测灵敏度0.001%突变频率，通道数2）

3.实时荧光定量PCR仪：ThermoFisherQuantStudio7（温控精度±0.1°C，通道数6）

4.核酸提取工作站：QiagenQIAcube（处理量1-96样本，回收率≥90%）

5.微阵列扫描仪：AgilentSureScan（分辨率2.5μm，动态范围106）

6.超声破碎仪：CovarisM220（碎片长度100-500bp，功率峰值75W）

7.生物分析仪：Agilent2100（DNA完整性检测，DV200范围0-100%）

8.离心机：Eppendorf5430R（转速最高15000rpm，温控范围-10-40°C）

9.恒温混匀仪：ThermoFisherMixMate（混匀速度300-2500rpm，温度范围4-100°C）

10.超低温冰箱：ThermoScientificForma900（温度-86°C，容量700L）

11.生物安全柜：EscoAirstream（洁净度ISO5，流速0.4m/s）

12.凝胶成像系统：Bio-RadGelDoc（分辨率20μm，动态范围4.8OD）

13.酶标仪：TecanInfinite200（波长范围230-1000nm，精度±1%）

14.微量分光光度计：ThermoFisherNanoDropOne（检测限0.2ng/μL，波长260/280nm）

15.生物信息学服务器：DellPowerEdgeR750（处理器32核，内存512GB，存储100TB）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"脑脊液循环肿瘤DNA检测"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。