检测项目
1.染色质完整性分析:DNA断裂指数(DFI)、彗星尾距(TailMoment)
2.组蛋白修饰检测:H3K27me3甲基化率、H4K16乙酰化水平
3.核小体定位图谱:MNase-seq测序深度≥30X
4.染色质可及性测试:ATAC-seq开放区域覆盖率≥85%
5.三维构象解析:Hi-C互作矩阵分辨率≤10kb
检测范围
1.哺乳动物细胞系(HEK293、HeLa等)
2.临床组织样本(肿瘤/正常配对组织)
3.模式生物胚胎(斑马鱼、果蝇早期胚胎)
4.血液样本(外周血单个核细胞)
5.冷冻保存的生物样本(液氮速冻组织)
检测方法
1.彗星实验:ISO10993-5:2009生物相容性测试标准
2.ChIP-seq:ENCODE联盟标准化流程v2.0
3.ATAC-seq:BuenrostroNatMethods2013改良方案
4.Hi-C技术:DovetailGenomicsHi-C试剂盒方案
5.MNase-seq:GB/T37871-2019核酸酶消化规范
检测设备
1.BDFACSCantoII流式细胞仪:多色荧光信号采集(635nm/488nm双激光)
2.ThermoFisherNanoDropOne超微量分光光度计:1μL样本浓度测定
3.Agilent4200TapeStation系统:DNA完整性数值(DIN≥7.0)分析
4.IlluminaNovaSeq6000测序仪:双端150bp测序模式
5.ZeissLSM880共聚焦显微镜:63油镜NA1.4光学系统
6.BeckmanCoulterCytoFLEX流式细胞仪:405/488/638nm三激光配置
7.CovarisM220超声破碎仪:峰值功率175W可调聚焦超声
8.Bio-RadCFX96实时定量PCR仪:熔解曲线分析精度0.2℃
9.EppendorfCentrifuge5430R高速离心机:最大转速30,000g
10.OxfordNanoporePromethION测序平台:超长读长(N50>100kb)测序