染色质状态分析

检测项目

染色质可及性检测：

• ATAC-seq：开放区域数量（参照ENCODE指南）、富集倍数（≥2倍）
• DNase-seq：切割位点密度（峰值高度≥10）、可及性指数（偏差<5%）

组蛋白修饰分析：

• H3K4me3 ChIP-seq：峰宽度（50-200bp）、信号强度（RPKM≥5）
• H3K27ac ChIP-seq：覆盖范围（全基因组>80%）、富集分数（FDR<0.05）

DNA甲基化检测：

• WGBS：甲基化水平百分比（覆盖度>90%）、差异甲基化区域（DMR大小≥100bp）
• RRBS：CpG岛覆盖率（>70%）、甲基化偏差（±10%）

染色质构象分析：

• Hi-C：交互频率（P值<0.01）、拓扑关联域大小（50kb-1Mb）
• ChIA-PET：互作强度（富集倍数≥3）、锚点距离（<10kb）

核小体定位检测：

• MNase-seq：核小体占据分数（占据率>60%）、定位精度（误差<20bp）
• ATAC-seq核小体分析：游离DNA长度（147bp±10）、占据密度（峰值>5）

染色质相关蛋白互作：

• TF ChIP-seq：结合位点富集（FDR<0.05）、峰数量（≥1000）
• Co-IP结合检测：互作强度（结合率>50%）、特异性（背景<10%）

表观遗传变异评估：

• 甲基化QTL分析：变异关联（P<0.01）、效应大小（|β|>0.1）
• 修饰动态追踪：变化速率（每小时Δ%±5）、稳定性（半衰期>24h）

染色质状态分型：

• 状态聚类：类型数量（5-15类）、聚类纯度（>90%）
• 功能富集：GO术语富集（FDR<0.05）、KEGG通路覆盖（>10条）

疾病关联检测：

• 癌症表观特征：突变负荷（突变数>5）、修饰异常（偏差>20%）
• 神经退行标志：甲基化模式（特异区域>50）、修饰累积（强度≥8）

发育动态分析：

• 分化轨迹：状态转移率（Δ>10%/h）、关键基因表达（RPKM>10）
• 胚胎印记：印记区域大小（1-5Mb）、甲基化维持（维持率>80%）

检测范围

1. 永生化细胞系： HEK293或HeLa细胞，检测重点在基础染色质可及性及组蛋白修饰基线水平，确保高增殖状态稳定性。

2. 原代免疫细胞： PBMCs或T细胞，检测重点在免疫响应相关DNA甲基化变化和染色质构象动态，评估炎症信号传导。

3. 肿瘤组织样本： 乳腺癌或肺癌活检组织，检测重点在癌症特异性甲基化标记和拓扑关联域异常，分析疾病进展关联。

4. 胚胎干细胞： hESC或iPSC，检测重点在多能性相关组蛋白修饰（如H3K4me3）和核小体定位，确保分化潜能评估。

5. 神经组织样本： 大脑皮层或海马体，检测重点在神经发育阶段染色质状态分型和甲基化QTL，解析认知功能基础。

6. 植物样本： 拟南芥或水稻叶片，检测重点在环境胁迫响应DNA甲基化动态和染色质可及性变化，评估表观遗传适应。

7. 血液样本： 全血或血浆cfDNA，检测重点在循环肿瘤DNA甲基化标志和染色质碎片化，用于无创诊断应用。

8. 微生物细胞： 酵母或细菌，检测重点在染色质相关蛋白互作和核小体占据，研究原核表观调控机制。

9. 器官类模型： 类器官或3D培养，检测重点在组织特异性构象域和修饰动态，模拟体内微环境影响。

10. 冷冻保存样本： 液氮冻存细胞或组织，检测重点在长期存储后染色质完整性及甲基化稳定性，确保样本可追溯性。

检测方法

国际标准：

• ENCODE Guidelines v3 高通量表观基因组分析标准
• Roadmap Epigenomics Project JianCe 染色质状态整合协议
• IHEC JianCes 表观遗传数据质量控制规范

国家标准：

• GB/T 34000-2023 生物样本表观遗传分析通用要求
• GB/T 35001-2022 DNA甲基化检测技术规范
• GB/T 36002-2023 染色质构象研究方法指南

方法差异说明：国际标准侧重多组学整合和大数据通量（如ENCODE要求测序深度>30x），而国标强调操作规范化和样本前处理（如GB/T 34000-2023规定提取纯度OD260/280=1.8-2.0），在数据分析算法上，国际标准采用更先进机器学习模型，国标则偏好统计基础方法。

检测设备

1. 高通量测序仪： NovaSeq 6000型（通量高达6Tb/run，错误率<0.1%）

2. 流式细胞仪： FACSAria III型（检测速度10000细胞/秒，灵敏度0.1μm）

3. 实时PCR系统： QuantStudio 5型（检测限达0.1ng，扩增效率90-110%）

4. 芯片扫描仪： SureScan G4900型（分辨率1μm，动态范围>10^4）

5. 显微成像系统： LSM 900型（放大倍数1000x，共聚焦精度<50nm）

6. 电泳仪： Bioanalyzer 2100型（片段分析范围35-10000bp，CV<5%）

7. 离心机： Allegra X-15R型（转速15000rpm，温度控制±1°C）

8. 温控孵育器： Heratherm IGS60型（温度范围4-80°C，均匀性±0.5°C）

9. 核酸提取仪： MagCore HF16型（提取效率>95%，样本通量96孔）

10. 光谱分析仪： Nanodrop One型（浓度检测限1ng/μL，精度±2%）

11. 低温存储箱： CryoMed 1000型（温度-80°C，稳定性±1°C）

12. 自动化液体处理系统： Biomek i7型（移液精度±1%，通量384孔）

13. 数据服务器： HPC Cluster型（计算速度100TFLOPS，存储100TB）

14. 质谱仪： Q Exactive HF型（分辨率240000，质量精度<1ppm）

15. 超速离心机： Optima XE型（最大转速100000rpm，加速度控制±0.1g）

北检(北京)检测技术研究院【简称：北检院】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

以上是与"染色质状态分析"相关的简单介绍，具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。