核小体检测

检测项目

1.核小体定位精度检测：分辨率≤10bp，覆盖度≥95%

2.组蛋白H3K4me3修饰定量：灵敏度0.1ng/μL，线性范围0.5-50ng

3.微球菌核酸酶（MNase）消化效率：消化时间梯度0-60min，片段大小150-900bp

4.核小体重复长度测定：测量误差2bp，适用DNA长度1475bp

5.组蛋白变体H2A.Z含量分析：检测限0.05%，相对标准偏差≤5%

6.DNA可及性指数（ATAC-seq）：测序深度≥20Mreads/sample

检测范围

1.哺乳动物细胞系（HEK293、HeLa等）染色质样本

2.临床组织样本（冷冻/石蜡包埋）染色质提取物

3.模式生物（果蝇、线虫）胚胎发育阶段染色质

4.植物（拟南芥、水稻）表观遗传突变体材料

5.抗肿瘤药物处理后的染色质可及性变化样本

6.体外重组核小体复合物模型系统

检测方法

1.MNase-seq：ISO21748:2017核酸酶消化标准化流程

2.ChIP-seq定量：GB/T37872-2019染色质免疫沉淀技术规范

3.ATAC-seq分析：ENCODEConsortium标准v3.0

4.CUT&Tag技术：NatureProtocols16(6):2749-2781

5.单细胞核小体定位：10xGenomicsChromiumSingleCellATAC方案

6.化学交联效率测定：ASTME3066-2018交联剂残留量测试标准

检测设备

1.CovarisS220超声破碎仪：DNA片段化（100-500bp），CV≤5%

2.Agilent2100Bioanalyzer：DNA完整性检测（DV200≥80%）

3.ThermoFisherQubit4.0：微量DNA定量（0.1-60ng/μL）

4.IlluminaNovaSeq6000：高通量测序（PE150模式）

5.Bio-RadCFX96Touch：qPCR定量（SYBRGreen法）

6.NanodropOneC：核酸纯度检测（A260/A280≥1.8）

7.EppendorfCentrifuge5430R：低温离心（4℃,15000g）

8.DiagenodeBioruptorPico：染色质片段化（200-1000bp）

9.PerkinElmerLabChipGXTouch：蛋白质-DNA复合物分析

10.BeckmanCoulterCytoFLEXS：流式细胞分选（FACS）