增强子检测概述:检测项目1.染色质开放性检测:DNase-seq测序深度≥30Mreads,分辨率150bp2.组蛋白修饰分析:H3K27acChIP-seq信噪比≥10:1,覆盖度≥5Mpeaks3.转录因子结合位点:EMSA迁移率差异≥20%,抗体特异性验证(WesternBlot)4.三维基因组互作:Hi-C数据有效交互对≥50M,分辨率10kb5.增强子活性验证:荧光素酶报告基因系统(相对活性≥5倍对照)检测范围1.人类原代细胞系(HEK293T、HepG2等)2.小鼠/大鼠动物模型组织样本3.植物基因组DNA(
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1.染色质开放性检测:DNase-seq测序深度≥30Mreads,分辨率150bp
2.组蛋白修饰分析:H3K27acChIP-seq信噪比≥10:1,覆盖度≥5Mpeaks
3.转录因子结合位点:EMSA迁移率差异≥20%,抗体特异性验证(WesternBlot)
4.三维基因组互作:Hi-C数据有效交互对≥50M,分辨率10kb
5.增强子活性验证:荧光素酶报告基因系统(相对活性≥5倍对照)
1.人类原代细胞系(HEK293T、HepG2等)
2.小鼠/大鼠动物模型组织样本
3.植物基因组DNA(拟南芥、水稻等)
4.临床FFPE病理样本(保存期≤5年)
5.合成生物学载体(质粒构建体≥10kb)
1.ATAC-seq:ISO20186-3:2021开放染色质分析标准
2.ChIP-seq:ENCODE项目v3实验指南(2022修订版)
3.Hi-C:4DN联盟标准化流程(2023版)
4.DNase-seq:GB/T37872-2019核酸酶超敏位点检测规范
5.STARR-seq:ASTME3060-23高通量增强子筛选方法
1.IlluminaNovaSeq6000:双通道测序平台(PE150模式)
2.Agilent2100Bioanalyzer:DNA/RNA完整性检测(RIN≥8.0)
3.CovarisM220:超声破碎仪(峰值功率175W)
4.ThermoFisherQubit4.0:微量核酸定量(检测限0.1pg/μL)
5.Bio-RadCFX96:实时荧光定量PCR(熔解曲线分析)
6.NanostringGeoMxDSP:空间转录组分析(ROI精度10μm)
7.10XGenomicsChromiumX:单细胞ATAC建库系统
8.PerkinElmerChemiDocMP:化学发光成像系统(16bit动态范围)
9.EppendorfMastercyclerX50s:梯度PCR仪(温控精度0.1℃)
10.OxfordNanoporePromethION48:长读长测序平台(N50≥100kb)
报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。
检测周期:7~15工作日,可加急。
资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。
标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。
非标测试:支持定制化试验方案。
售后:报告终身可查,工程师1v1服务。
以上是与增强子检测相关的简单介绍,具体试验/检测周期、检测方法和仪器选择会根据具体的检测要求和标准而有所不同。北检研究院将根据客户需求合理的制定试验方案。