可送检的样品类型与对应检测项目
| 样品类型 | 典型应用场景 | 主要检测项目 | 常用方法 / 参考 |
|---|---|---|---|
| 动物组织样品（肌肉、肝脏、脾脏、尾尖等） | 模式动物与家畜家禽参考基因组构建、群体重测序、选择信号与驯化历史研究 | 基因组大小与杂合度评估、全基因组重测序变异检测、de novo组装、线粒体基因组拼接 | 流式细胞术C值测定、k-mer深度分布survey分析、双端150 bp短读长重测序、Hi-C辅助染色体挂载 |
| 植物组织样品（幼叶、嫩芽、黄化苗） | 作物与林木参考基因组组装、泛基因组与群体遗传研究 | 基因组survey、杂合度与重复序列比例评估、染色体级别组装、编码基因预测与注释 | 高分子量DNA提取、HiFi长读长测序、Hi-C邻近连接文库、转录组数据辅助注释 |
| 微生物菌体样品（细菌、酵母、丝状真菌孢子与菌丝） | 细菌完成图与真菌框架图绘制、比较基因组与进化研究 | 环形染色体闭合验证、质粒与可移动元件注释、抗性基因与毒力因子注释、系统进化树构建 | 三代长读长与二代短读长混合组装、环状一致性交叉核对 |
| 培养细胞样品（哺乳动物培养细胞沉淀、杂交瘤细胞等） | 细胞遗传背景表征与细胞系间遗传一致性核查 | 全基因组覆盖均匀性评估、拷贝数变异检测、SNP检出与背景比对 | 30×深度全基因组测序、断点分辨的结构变异分析流程 |
| 基因组DNA提取物（DNA溶液） | 委托方已完成提取的基因组DNA直接建库测序 | 完整性、纯度与浓度复核，文库构建与测序，原始数据与信息分析交付 | 荧光定量法浓度复核、毛细管电泳完整性评估、OD260/280纯度测定 |
| 环境与混合样品总DNA（土壤、水体、肠道内容物等） | 宏基因组组装基因组挖掘与物种基因组重建 | 总DNA质控、深度宏基因组测序、分箱组装与基因组完整度污染度评估 | 分箱评估流程、完整度与污染度双阈值判定 |
检测项目
1. 基因组survey分析：k-mer深度分布估计基因组大小与杂合度，杂合率典型范围0.05%-2%，同步评估重复序列比例
2. 全基因组重测序：测序深度10-30×，SNP、InDel、结构变异与拷贝数变异全谱检出，Q30比例不低于85%
3. de novo框架图组装：短读长组装N50达100 Kb-1 Mb量级，Hi-C挂载后染色体锚定率通常不低于90%
4. 三代完成图组装：HiFi读长15-25 Kb，一致性准确度达Q40水平，贯通高度重复区与结构复杂区域
5. 基因注释与功能预测：编码基因结构预测、GO与KEGG通路注释、重复序列家族划分（含LTR反转座子占比统计）
6. 比较基因组分析：全基因组比对、物种系统发育树构建、基因家族扩张收缩与正选择基因筛查
检测范围
1. 动物基因组样品：小鼠、斑马鱼、果蝇等模式动物，猪、牛、羊、鸡等家畜家禽及水产动物新鲜组织
2. 植物基因组样品：水稻、小麦、玉米等粮食作物，大豆、棉花、茶叶等经济作物与林木花卉幼嫩组织
3. 微生物基因组样品：细菌、放线菌、酵母、丝状真菌及大型真菌子实体等纯培养物
4. 培养细胞样品：哺乳动物培养细胞沉淀、杂交瘤细胞等科研用细胞材料
5. 基因组DNA提取物：浓度不低于20 ng/μL、总量不低于1 μg、OD260/280比值1.8-2.0的基因组DNA溶液
检测方法
1. GB 19489-2008 实验室 生物安全通用要求（样本接收与核酸操作的生物安全控制）
2. GB/T 27405-2008 实验室质量控制规范 食品微生物分子生物学检验（分子生物学实验质量控制参照）
3. ISO 20387:2018 生物技术 生物样本库 通用要求（样本采集、运输、保存与质量信息追溯）
4. 二代短读长测序法：基因组DNA打断至350 bp插入片段，接头连接与桥式扩增，双端150 bp边合成边测序，按Phred体系评估Q30比例
5. 三代单分子测序法：高分子量DNA经纳米孔单分子实时测序产出循环共识序列，以高准确度长读长解析复杂区域
6. Hi-C辅助组装法：染色质构象捕获酶切与邻近连接建库，依据互作信号将scaffold聚类、排序并挂载至染色体级别
检测设备
1. 高通量测序仪（NovaSeq 6000型）：双端150 bp读长，单次运行数据产出可达Tb级
2. 三代单分子测序仪（Revio型）：HiFi读长15-25 Kb，一致性准确度达Q40水平
3. 纳米孔测序仪（PromethION型）：超长读长可达100 Kb以上，实时电信号输出
4. 聚焦超声打断仪（Covaris型）：目标片段350 bp，片段分布离散度控制在±50 bp
5. 荧光定量PCR仪：文库精确定量与靶标丰度验证，动态范围可达10个数量级
6. 荧光光度计（Qubit型）：双链DNA高灵敏度定量，检测下限低至0.005 ng/μL
7. 紫外可见分光光度计：OD260/280与OD260/230比值测定，波长精度±1 nm
8. 毛细管电泳片段分析仪（Fragment Analyzer型）：基因组完整性数值与片段分布D50评估
9. 流式细胞仪：已知C值内标物种比对法估计基因组大小
10. 凝胶成像分析系统：琼脂糖凝胶电泳判定DNA降解程度与RNA残留