可送检的样品类型与对应检测项目
| 样品类型 | 典型应用场景 | 主要检测项目 | 常用方法 / 参考 |
|---|---|---|---|
| 棉花商品种子 | 品种审定、种子质量检验、市场监督抽查 | 品种真实性SSR指纹比对、转基因成分筛查（CaMV 35S、NOS、FMV 35S元件）、种子纯度分子鉴定 | NY/T 2694-2015《棉花品种真实性鉴定 SSR分子标记法》；定性PCR加凝胶电泳判定 |
| 杂交棉F1代种子及亲本 | 杂交制种质量控制、亲本一致性核对 | 杂交种纯度鉴定（双亲互补位点统计）、自交株与混杂株识别、不育系保持系恢复系核对 | SSR共显性标记法，双亲多态性引物组合扩增，统计双亲带型单株比例 |
| 棉花幼苗与叶片组织 | 育种加代材料基因分型、抗性基因前景选择 | KASP-SNP基因分型、目标基因qRT-PCR表达量分析、抗病关联标记检测 | CTAB法或硅胶膜试剂盒提取DNA，2^-ΔΔCt相对定量法 |
| 皮棉与棉纤维 | 进出口棉花合规筛查、纺织原料源头追溯 | 转基因成分定性筛查、纤维品质性状关联分子标记检测 | ISO 21569:2005核酸定性方法；SN/T 1194系列植物产品转基因成分PCR检测 |
| 转基因棉花品系材料 | 转化体事件鉴定、衍生品种身份确认 | 品系特异性序列定性鉴定（MON1445、MON15985等）、外源基因拷贝数与含量定量 | 农业部2031号公告-19-2013等品系特异性PCR方法；ISO 21570:2005实时荧光定量 |
| 棉花种质资源 | 种质库身份管理、遗传多样性评价、核心种质构建 | SSR/SNP指纹图谱构建、群体遗传结构分析、野生种与栽培种亲缘关系判定 | 毛细管电泳片段分析结合荧光标记引物；高通量测序辅助分型 |
检测项目
1. 转基因元件筛查（CaMV 35S启动子、NOS终止子、FMV 35S启动子）：定性PCR，检出限低至0.1%质量分数
2. 品系特异性基因鉴定（MON1445、MON15985等转化体）：实时荧光定量PCR，定量限0.1%-5%
3. SSR分子标记指纹分析：核心引物40-64对，等位变异片段100-500bp
4. 品种纯度与真实性鉴定：杂交种纯度临界判定值≥95%，统计双亲互补带型单株比例
5. KASP-SNP基因分型：96/384孔板高通量运行，单位点分型成功率≥95%
6. 目标基因表达量分析（qRT-PCR）：2^-ΔΔCt相对定量，扩增效率90%-110%
检测范围
1. 陆地棉：转基因抗虫棉、常规棉品种及育种中间材料
2. 海岛棉：长绒棉品种与杂交组合
3. 棉花杂交种F1及其亲本系：不育系、保持系、恢复系
4. 转基因棉花转化体：Bt抗虫（Cry1Ac、Cry2Ab）、耐除草剂（CP4-EPSPS、bar）
5. 棉花种质资源：亚洲棉、草棉、野生种及近缘种
6. 进出口棉花与棉籽产品：转基因成分合规筛查
检测方法
1. NY/T 2694-2015 棉花品种真实性鉴定 SSR分子标记法
2. ISO 21569:2005 食品与转基因生物及其衍生产品检测 基于核酸的定性检测方法
3. ISO 21570:2005 食品与转基因生物及其衍生产品检测 基于核酸的定量检测方法
4. 农业部2031号公告-19-2013 转基因植物及其产品成分检测 耐除草剂棉花MON1445及其衍生品种定性PCR方法
5. SN/T 1194-2014 植物及其产品中转基因成分检测 定性PCR方法
检测设备
1. 实时荧光定量PCR仪（QuantStudio 5）：96孔反应模块，动态范围1-10¹⁰拷贝，温度均一性±0.25℃
2. 梯度PCR扩增仪（T100）：温度梯度范围4-99℃，梯度温差最大30℃
3. 超微量分光光度计（NanoDrop 2000）：核酸浓度2-15000ng/μL，波长190-840nm
4. 高通量组织研磨仪（MM400）：振动频率3-30Hz，兼容液氮冷冻研磨
5. 毛细管电泳遗传分析仪（3730xL）：96道毛细管，片段分辨率1bp，读长50-1200bp
6. 凝胶成像分析系统（Gel Doc XR+）：紫外与蓝光双光源，像素1392×1040
7. 垂直电泳仪（DYY-6C）：电压0-600V，电流0-400mA
8. 超低温保存箱：温度-86℃，容积380L
9. 生物安全柜（BSC-1100IIA2）：洁净度ISO 5级，下降风速约0.3m/s
10. 高通量测序仪（NovaSeq 6000）：最大读长2×150bp，单芯片数据输出最高6Tb