检测项目
1. 微生物群落α多样性分析：香农指数，辛普森指数，观测物种数， Chao1指数， Pielou均匀度指数。
2. 微生物群落β多样性分析：基于布雷-柯蒂斯距离的主坐标分析，非度量多维尺度分析， 加权/非加权UniFrac距离分析。
3. 核心菌群构成与丰度监测：门、纲、目、科、属、种水平的相对丰度分析， 核心操作分类单元追踪。
4. 特定功能菌群丰度变化：短链脂肪酸产生菌（如丁酸梭菌群）， 产甲烷古菌， 硫酸盐还原菌， 潜在致病菌（如肠球菌、艰难梭菌）相对丰度。
5. 微生物群落结构稳定性指标：群落结构相似性指数， 群落演替速率， 关键类群更替率。
6. 代谢功能预测稳定性分析：基于基因功能数据库的代谢通路丰度变化， 如碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢通路。
7. 活菌数量与活性评估：总活菌计数， 特定功能菌群活菌计数， 微生物代谢活性检测（如脱氢酶活性）。
8. 样本物理化学性质关联分析：酸碱度值、氧化还原电位、短链脂肪酸浓度与微生物组成的相关性分析。
9. 时间序列稳定性分析：在不同储存时间点（如即时、短期、长期）的微生物组成纵向比较。
10. 条件应激稳定性测试：模拟冻融循环、温度波动、氧气暴露等条件下微生物群落的变化。
11. 抗生素抗性基因丰度监测：常见抗生素抗性基因的携带率与丰度变化评估。
检测范围
供体新鲜粪便样本、初步处理的粪菌悬浮液、离心浓缩后的菌泥、冷冻保存的粪菌样本、冻干粉剂型粪菌样本、肠溶胶囊封装样本、用于移植的最终灌肠液或灌胃液、制备过程中不同阶段的中间产物、样本保存用缓冲液、样本复苏用培养基、模拟胃肠液处理后的样本
检测设备
1. 高通量测序平台：用于对样本中微生物的核糖体核糖核酸基因进行扩增子测序或宏基因组测序，以解析群落组成与功能；基于双末端测序技术，可提供高精度的物种分类信息。
2. 实时荧光定量聚合酶链反应系统：用于精确定量样本中特定细菌类群或功能基因（如抗生素抗性基因）的绝对丰度；具备高灵敏度和特异性，支持多重检测。
3. 厌氧培养工作站：为对氧气敏感的肠道微生物提供严格的厌氧环境，用于样本处理、活菌培养及活性评估；内置气锁传递舱，确保操作过程中厌氧状态的稳定。
4. 超低温冰箱：用于长期保存粪菌样本，通常要求达到零下八十摄氏度的储存温度，以最大限度维持微生物群落的原始组成和活性。
5. 冷冻干燥机：用于制备冻干粉剂型的粪菌样本，通过升华原理去除水分，旨在提高样本在常温下的储存稳定性。
6. 生物显微镜及菌落计数仪：用于对样本进行直接镜检观察和活菌总数的快速计数与统计分析。
7. 气相色谱仪：用于精确检测和定量样本中短链脂肪酸（如乙酸、丙酸、丁酸）的浓度，评估微生物代谢功能状态。
8. 多功能酶标仪：用于进行基于比色法或荧光法的微生物代谢活性检测，例如脱氢酶活性测定，以评估微生物群体的整体代谢活力。
9. 高速冷冻离心机：用于快速分离粪便样本中的微生物细胞与残渣，以及在制备过程中浓缩菌体，减少处理过程对微生物造成的应激。
10. 生物信息学分析服务器与软件：搭载专业生物信息学分析流程，用于处理海量测序数据，进行多样性计算、差异分析、功能预测及可视化图表生成。