可送检的样品类型与对应检测项目

样品类型 典型应用场景 主要检测项目 常用方法 / 参考
益生菌食品与发酵剂 酸奶、固体饮料、直投式发酵剂中乳酸菌菌株复核与种下水平确认 菌株水平鉴定、活菌计数、生产株与标注株一致性比对 GB 4789.35-2016；16S rRNA基因与转录间隔区测序；基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱
发酵工业生产菌株 酶制剂、氨基酸、有机酸发酵生产菌种传代稳定性与退化核查 保藏株与车间分离株一致性、菌株退化评价、分子分型 多位点序列分型；全基因组测序比对；脉冲场凝胶电泳
制药洁净环境分离株 无菌药品生产区沉降菌、表面菌与悬浮菌的隔离鉴定与污染溯源 菌落隔离鉴定、污染菌株同源性分析、环境菌群图谱 中国药典2020年版四部通则9204；基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱；多位点序列分型
致病菌监测分离株 食品生产链致病菌追踪、重复检出菌株的亲缘关系判定 沙门氏菌等致病菌株分型、克隆来源判定、耐药表型配套 GB 4789系列；脉冲场凝胶电泳；全基因组单核苷酸多态性分型
保藏标准菌株 生物保藏参考株传代复核、专利程序菌株确认、菌种库出入库核对 传代一致性、种属确认、原核与真核来源确认 SN/T 2632-2010；核糖体小亚基基因测序比对
食品腐败分离株 乳品、肉制品、饮料胀袋与变质原因菌排查及污染点位追踪 腐败菌株鉴定、产气产酸表型复核、污染来源溯源 ISO 20837:2006；生化图谱与质谱指纹联合鉴定

检测项目

1. 核糖体小亚基基因测序：16S rRNA基因全长约1500 bp，序列相似度98.7%以上判为同种，真菌辅以转录间隔区500-600 bp片段

2. 全基因组测序分型：细菌基因组2-8百万碱基，单核苷酸多态性位点分辨率达单碱基水平，支持株水平溯源

3. 多位点序列分型：7个看家基因约3500-4000 bp串联比对，获得等位基因谱与序列型编号

4. 脉冲场凝胶电泳分子分型：稀有限制性内切酶切割产生10-25条片段，条带相似度85%以上判为同源克隆

5. 质谱指纹图谱鉴定：核糖体蛋白质量范围2-20 kDa，数据库比对分值2.0以上可鉴定到种并提示谱型

6. 生化图谱鉴定：碳源利用与酶活性反应数十项，鉴定数据库覆盖数千个分类单元

检测范围

1. 乳酸菌菌株：鼠李糖乳杆菌、动物双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等益生菌株

2. 发酵生产菌株：枯草芽孢杆菌、黑曲霉、酿酒酵母等生产与工程菌株

3. 环境分离株：洁净区表面菌、悬浮菌、纯化水与注射用水系统分离株

4. 致病菌分离株：沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌等监测株

5. 标准菌株与生物材料：保藏中心参考株、专利程序菌株、细胞库支原体污染核查材料

检测方法

1. GB 4789.35-2016 食品安全国家标准 食品微生物学检验 乳酸菌检验

2. SN/T 2632-2010 微生物菌种鉴定规范

3. ISO 20837:2006 食品微生物学 致病菌检测用聚合酶链式反应 定性检测样品制备要求

4. ISO 20838:2006 食品微生物学 致病菌检测用聚合酶链式反应 定性检测扩增与检测要求

5. GB 19489-2008 实验室 生物安全通用要求

6. 中国药典2020年版四部通则9204 微生物鉴定指导原则

检测设备

1. 高通量测序仪：双端测序读长可达2×300碱基，单次运行数据产出数十吉碱基

2. 毛细管电泳测序仪：单次读长800-1000碱基，四通道荧光检测

3. 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪：蛋白检测质量范围2-20千道尔顿，菌种谱图数据库覆盖数千种

4. 实时荧光定量聚合酶链式反应仪：96孔样本通量，模块升降温速率每秒6摄氏度

5. 脉冲场凝胶电泳仪：脉冲转换时间1-60秒，电场转换角度120度

6. 凝胶成像分析系统：紫外与白光双光源，像素分辨率400万以上

7. 恒温培养箱：温度范围环境温度加5至70摄氏度，波动度正负0.5摄氏度

8. 厌氧培养系统：舱内氧浓度可控制在0.1%以下，满足厌氧菌分离培养

9. A2型生物安全柜：进风格栅面风速约0.5米每秒，保护人员与样品双向安全

10. 超低温保存箱：温度范围零下40至零下86摄氏度，用于菌种与分离株保藏